一个公司的经济收入通常并不等于其应税收入，意识到二者之间的差别时公司便要对税务问题予以关注。GAAP（一般公认会计原则）要求企业在确认经济收人与应税收入时均采用权责发生制，在税收方面还需遵守美国国税局的相关规定。在对经济收入进行调整之前，首先应该完成当期税收分摊，这便需要会计师对于相关账目进行审阅以确定基金的应税收益。通常情况下，会计师事务所每年会对对冲基金进行一次审计。审计的过程也是对于一只基金的财务状况、期间业绩以及稳定性的一次全面摸底。基金的定期审计对于其营销也有助益，大多数投资者都喜欢查阅基金的审计文件，进行定期审计的基金更容易取得投资者的信任。
接下来我会简要阐述审计及税收相关问题对对冲基金及其投资者的呼影响，力求使读者了解其中的关键所在，以及使基金经理明确在与其会计师及行政管理人打交道过程中需要注意的重点问题。对冲基金的税收问题十分复杂，恐怕只有注册会计师（简称CPA)能够完全理解其中的细节。美国的对冲基金通常都采用有限合伙或者有限责任公司的组织形式，普遍受各州普通合伙（简称GP）法的管辖。而各州的有限合伙法普遍允许使用有限合伙或者有限责任组织形式的对冲基金使用投资合伙的所得税处理方式。
以下是基金经理在与会计师以及行政管理人讨论审计、会计及税收问题时常谈及的一些内容：
投资合伙的分类。
营业收入、已实现，收益或损失的分摊。
基金的税后业绩。
普通合伙人于基金中取得的报酬可以以基金费用或者基金收益分配两种形式之一进行支付而具体的支付方式需要在基金的法律文件中予以明确。由于将普通合伙人的报酬以基金收益分配酌方式进行支付对于普通合伙人和其他投资者都更为有利，因此该种方式为更多的基金所选择。以基金收益分配的方式向普通合伙人支付其报酬不被视为合伙企业的费用；相反，它保留了它在普通合伙人手中的性质。基金各项损益、费用的分摊需要符合以下原则，才能有利于大多数基金参与者的利益：
必须按照基金设立时确立的收益分配、费用分摊原则。必须有事实基础。
合伙人之间就基金份额的交易不能仅出于避税目的被认定为投资合伙的对冲基金在分配基金损益时有两种方法可以选择：分层法和总和法。
在使用分层法分配基金的损益时，会根据每一个投资人在基金中的份额占比，将已实现损益直接计入其账户。而对于未实现损益，也会根据其在基金中的份额占比计入投资者的未实现损益账户。当相应证券被交易，未实现损益转化为已实现损益时，投资者账户内部也会做相应的处理。
使用总和法的基金只会将已实现收益与已实现亏损的轧差分配给投资者。采用该种处理方法的基金不会将基金的未实现损益都具体计入每一个投资者的账户之中。未实现损益会对基金净值整体产生一个影响，使得基金净值存在“未实现收益”或者“未实现亏损”。通常来说，总和法相对于分层法操作起来更为容易。许多专业人士认为，长期来看分层法和总和法对于基金损益的处理结果并无差异，但由于总和法更为简便，因此应该选用总和法。而在实际操作中，会计师会根据基金的具体特点提出在两个处理方法之间的选择建议，基金经理最好听取其会计师提出的建议。
