基本分析存在以下几个难题。
(1)股票价值如何衡量?目前计算价值的模型很多,市盈率是衡量价值的方法之一。不过牛市和熊市的市盈率标准是不一样的，不同时期的牛市市盈率不一样、同一时期不同行业的市盈率标准也是不一样的,国外市场和国内市场市盈率标准区别很大，所以，价值衡量标准很难统一不同研究机构对同一家公司的评级经常会不一样，甚至相反。所以价值衡量存在很大的主观臆断。
(2)未来公司业绩很难准确预测。公司未来的业绩无法准确预测，有时候公司管理层也不见得有把握预测公司未来能达到多少业绩,何况我们普通的投资者,任何公司的发展必然受外部环境的影响，就像人一样，可以决定自己的行为，但行为必然受到社会环境的制约。更重要的一点是己公开的公司财务信息很少是完全准确的，也不可能做到完全准确，由于同行存在竞争,不可能把自己的财务信息完全准确的公开。中国市场由于制度上还有很多不完善的地方，上司公司为了自身的利益，财务报表造假现象也非常普遍。那么在不准确的财务数据上，能分析出正确的结果吗?即使分析方法再好，也是徒劳的,财务分析是有用的，但是除了数据缺乏准确性之外，绝大多数人不具备财务分析的能力。基本分析的专业性太强，过于复杂，普通投资者根本无法掌握，有些问题经济学家都不见得能搞清楚。
(3)入市点很难确定。价值低估了，可以再低估，还可以严重低估，具体到什么价位才可以买进，没有最化的标准。你判断某公司的价值中枢是20元，目前的价格是巧元算是低估，按理应该可以买进，但实际上股价经常继续下跌，下跌到10元，甚至更低，市场经常如此,比如，2007年11月5日上市的中国石油，开盘价为48,6元，三个月后拦腰对折下跌到了24元，当时机构报告都说这只最赚钱的公司的股票已经跌到了价值区间，但结果到了2008年10月跌破了10元。2008年6月大盘从6124点跌到3000点时，跌幅过半，而且当时的市盈率己经是20倍，那些机构研究员都认为跌到价值区间，可是大盘后面还有40%的跌幅,同样在2005年至2007年的超级大牛市中,如果按照价值分析或市盈率分析，那么大盘从998点涨到3000多点时(市盈率40倍)早就卖光了，后面的3000点只能眼巴巴地看它涨。
图1华银电力2010-12-01留影
基本分析的第一步是对研究的数据进行准确性考证，而这一步对于普通投资者己经是很难的工作。而技术分析则是一步到位，得到的研究数据人人可以得到，而且完全准确，不管这个价格有无人为操控因数，都是实实在在产生的市场价格，是客观的不可改变的，而且在价格数据面前人人平等,这就使得技术分析在一开始就有了优势。优势就在于不必对所研究的数据进行考证和预测，而是直接研究它的价格趋势。另外，假设基本分析所得到的研究数据是完全准确的，但是数据对股价的影响不见得具有相关性。
比如，2006年上半年有色金属股大涨，当时基本分析师认为有色金属板块的上涨是由于当时金属期货的暴涨。当时铜期货从4万暴涨到8万，像江西铜业(000630)的股票也从3元多上涨到8元多,但是之后铜期货价格从历史高点8万开始大调整，按理股价也应下跌，但事实上，江西铜业从8元多继续上涨到38元。还有2004年至2005年，铜期货从2,5万上涨到4万，而江西铜业(000630)股价从6元下跌到3元，这些足以说明铜期货价格和股价并不是经常正相关的，股价的上涨和下跌也不是由单一事件决定的。
在不同的时期基本面数据对股价的影响程度其有很大的差异。在牛市中,大盘因数主导了股价的上涨，公司基本面数据对股价的影响处于次要地位:而在震荡市中,基本面因数处于主睁地位,基本面好的公司一般明显抗跌或强于大势,这就是为什么在牛市中，很多亏损股、ST股涨幅同样很大。
通过基本分析和技术分析的比较，可以明显地看出技术分析更加适合我们普通投资者学习和运用，因为基本分析有很多弱点，而且很难避免。对于普通投资者根本做不到，更不要说分析得如何精细和准确了。那些机构投资者看似通过调研而进行所谓的基本分析，其实国内大多数机构投资者的优势不是基本分析水平，而是信息的优势和资金优势，与其说基本分析，还不如说“消息”分析，他们调研更多的是比普通投资者更早地获取一些“内部”消息。
