利用关联交易调节上市公司利润，给上市公司带来的仅仅是账面上的好处，而背后真正的内幕，是关联方大量侵占上市公司的利益。
利用关联交易侵占上市公司利益，最常见的形式是侵占上市公司资金。例如，2001年8月，三九医药发布关联交易补充公告，披露了公司多笔金额共计达11.43亿元的巨额定期存款被大股东方面占用的详情。公告称，根据公司与深圳金融租赁有限公司签订的定期存款协议，截至2000年底，公司累计在该公司存入定期存款11.43亿元，其中大部分存款的利率较银行同期高30%0但事实上，由于三九企业集团持有该租赁公司50.5%的股权，并为三九医药的最终控股股东，该事项已经构成关联交易。由于公司治理上的不健全以及公司与大股东没有真正做到“三分开”，这项关联交易的实质是造成了大股东及其关联方对上述定期存款的占用。
1998年4月上市的长江包装，1999年年报一出即进ST，每股收益-0.742元。长江包装何以会如此迅速地一头扎进ST呢？最主要的原因在于关联企业占用了上市公司资金。
长江包装总资产才3.1亿元，而1999年末应收账款加其他应收款就达1.91亿元，占总资产的六成多，其中1.58亿元的其他应收款，几乎全部为关联企业所欠，长江包装上市时剥离出去的国有企业“中元实业”欠款1.185亿元，关联企业“中元运输”欠款1700多万元，占长江包装40%股权的“长信纸业”欠款1000余万元。公司年报也承认，“中元实业”生产能力过剩，经营困难，占用本公司资金在短期内无法现金偿还；“长信纸业”则从1996年成立后连年亏损，公司投资的1600万元早已亏损殆尽，要它还钱又谈何容易。
长江包装的资金既然大笔大笔被关联企业所占用，它自己当然只能频频贷款，目前银行贷款高达1.14亿元，而且都已逾期，一年的财务费用高达1340余万元。长江包装只是一家6070万股本的小公司，其净资产只有2030万元，要不是关联企业向它伸手，它有必要借那么多贷款吗？又如何还得起那么多贷款？尽管公司在新年度计划中说要开发竹浆系列产品，但没有了资金，再好的设想也只能是纸上谈兵。侵占上市公司利益，实际上也就是侵占投资者的利益。对于这类一心想从上市公司捞好处的公司，投资者不能不有所防备。
除了利用关联交易进行利润调节和利益侵占外，有的上市公司还通过关联交易避税；或者利用关联交易调整财务指标，突破银行贷款限制条件。可见，银行在审查企业借款、担保条件时，也要睁大眼睛，看是否存在关联交易相互担保，担保方的财务状况是否经过调整，否则也会像股民一样陷进一个无底洞不能自拔。
总之，上市公司公司进行关联交易往往出于不同的目的，有不同的表现形式。投资者在投资时，应当了解上市公司进行关联交易的真实动机和要达到的目的，作出正确的判断，最好是能预计关联交易对公司将来的财务状况和经营成果的影响，据此进行恰当的投资决策。
