2001年，为了迅速占领药品零售终端，三九医药集团高薪聘请世界最大的会计师事务所普华永道为顾问，专门帮助该集团制定了一份宏伟的5年发展规划。该发展规划的要点如下，一是远景目标，要成为中国最大的、全国性经营的、提供综合性健康产品和服务的连锁零售企业;二是网点数量，到2005年，直营店数量达到3 500 ~3700家，加盟店数量达到6 300~6 500家，门店总数达到1万家:三是销售目标:到2005年实现年销售收入95亿元，市场占有率达到7%~8% ;四是资本运作目标:规划期末进行资本运作，实现公开上市。
三九连锁于2001年5月29日发起设立，成立之初注册资本为2000万元人民币。到2005年，该公司经过两次增资扩股，注册资本已变更为1.72亿元。经过5年的发展，该公司先后投入3.37亿元资金(1.72 亿元股权投资+1. 65亿元短期借款)，通过收购、新建药店等方式，已经拥有800多家直营连锁药店。但是三儿连锁药房并没有带来预期的效果，根据三九医药的公告，医药连锁业务与公司的长期战略发展方向不一致，三九连锁盈利能力不佳，连年产生巨额亏损，发展连锁店曾在三九的战略上占有重要地位。三九集团当时的战略是三九连锁店网络、药品经销网络、中医诊疗网络及三九健康网的“四网合一”。三九试图通过创建三九连锁药店，实现从制造型企业转向服务型企业的目标。
与当初5年发展规划的初衷相比，三九连锁的发展步伐不仅严重滞后，其现状也与初衷存在较大的差距:
一是该公司原计划从投人第二年(2002 年)即进入盈利阶段，但是6年过去，仍然在亏损的泥潭中挣扎;虽然亏损总额呈现逐年递减的趋势，但是三九医药集团已经无法承受这种长痛。
二是该公司原计划在发展直营店的同时，在各地直背店周围逐步吸引加盟店加盟，并在规划后半期将主要精力放在加盟店拓展上;但是从发展历程来看，该公司基本只发展了直营店，药店加盟工作基本放在了次要位置。
更为重要的一点是，三九连锁的发展远本起到支撑三九医药集团的作用，反而成为一种负担，严重影响了集团其他板块的发展。
早在2005年10月31日，三九医药就发布公告称打算转让所持有的三九连锁的股权。公司认为，由于医药连锁业务与公司长期战略发展方向不一致，且三九连锁盈利能力不佳，连年亏损，所以三九医药打算卖掉这部分股权。此后，三九医药将全面退出医药零售业。
三九医药公告显示:截至2005年9月30日，三九连锁未经审计的资产总额为6.06亿元、负债总额为5. 90亿元，净资产为-577万元，短期借款余额为1.65亿元。2005年1-9月份实现主营业务收入6.3亿元，净利润-2 948万元。经评估，以2005年6月30日为基准口，三九连锁总资产为22 373.46万元，总负债为22409.72万元，净资产为- 36. 26万元。
虽然三九连锁有下家连锁店，但由于非常分散，每个地方一两家店，不能形成个地方的整体联动局面与对手抗衡，相反，每个地方都还要派人管理，这种布局造成管理成本很高，药品的配送成本也很高。对于三九医药来说，过于分散的药房，已经不是优势而是沉重的负担，由于管理成本过高，300万元有无人愿意接手，还是一个问题。尽管此次三九连锁1000多家药店打包转让只开出了300万元的价格，但该人士并不认为这个价钱便宜。最终，三九医药免费送给人家都有可能。
2006年10月27日，三九医药发布公告称，其在三九连锁药店的股权，已于10月98被北海太合经贸有限责任公司以400万元获得。其实，早在2005年10月31R,三九医药就对外表示将转让持有的三九连锁所有股权，当时香港鹰投资、上海华氏大药房、哈药集团等多家公司表示意向，但最终在产权交易所的;挂牌价仅为300万元。
如今，三九1 000家药店整体“打包”出售却只开出了300万元的价格，平摊到每家药店的售价仅为3 000元。有业内人士称，三九医药连锁此次出售每家药店仅按照开业成本来算，亏损就高达20万元左右。三九医药300万元的开价只是买入三九连锁体系的初期投入，随后的整合成本可能比这个数字大很多。
三九医药连锁药店无人接受的深层次原因在于，谁也不知道三九连锁药店以及“三九系”的“资金黑洞”究竟有多大、有多深。据了解，当时“三九系”整体银行债务约在102亿元左右。其中，三九医药债务约为33亿元;三九生化(深圳交易所代码: 000403)、 三九发展(深圳交易所代码: 600614)两公司债务合计21亿元;两家上游控股公司三九集团、深圳三九药业有限公司的债务合计逾33亿元;其余子公司辅业债务约在14亿元。
