次贷危机也令对冲基金损失惨重，但这也不是免于对其兴师问罪的理由，之前金融经济学家和政策制定者一真把银行作为可能产生系统风险的主要渠道， 例如银行倒闭和随之产生的信用供给的减少，银行的这种特殊性已经成为银行监管的传统依据。但是伴随着金融市场的转变，这种关注已经转向对中基金的潜在冲击，这种冲击最终导致金融机构、市场和总体经济的混乱，对冲基金对系统性风险产生的影响已经引起越来越多的关注。
第一，对冲基金对实体经济的联系可能直接通过银行对于对冲基金的风险敞口产生。银行对于对冲基金的风险敞口程度依然不明确，BIS 估计银行直接对于对冲基金的风险敞口已经同对冲基金行业自身规模成比例的增加。但是注意到，银行对于对冲基金的风险敞口很大程度上是有担保的，金融稳定论坛(2007) 估计主要银行对干对冲基金目前和潜在的有担保的风险敞口总体上是比较适度的。另外，每个银行从自身利益出发，愿意管理并减少这类风险。第二，对冲基金的运作可能扰乱金融市场行为，打断资本市场的有效运作，阻碍更大范围的信用供给。对冲基金的不透明性和激励结构上的特殊性产生了严重扰乱市场的可能，对冲经理们倾向于高风险策略，并且这种策略含有大量尾部风险。杠杆交易反过来会加大一定冲击的影响，导致更大更严重的损失，过多的杠杆是对冲基金产生系统风险的主要因素。交易工具的复杂性和异质性可能使平仓更加困难，最终会阻碍及时有效的补救，加重市场冲击。第三，通过银行系统间接的运行，大的商业银行和交易商给对冲基金提供大量的流动性，对冲基金自身的问题会引起这些商业银行流动性的紧张，该银行为弥补对冲基金冲击对其流动性的损失，可能会减少对其他对冲基金或其他银行的信用供给，进而产生连锁反应，进一步扰乱了金融市场和信用供给，这种银行资产负债表的内在联系产生复杂的动态效果，放大了初始的价格冲击。
面对对冲基金叫能产生的系统性风险，比较行之有效的控制構施是交易对手风险管理( Counterparty Credit Risk Managemenl, CCRM)， 对冲基金通过很多方式同鼓监管的金融机构和金融中介相互接触.包括初始佣金关系，一般金融机构向对冲基金提供诸如交易、执行、清算、保骨、通过保证金和回购协议提供融资等服务。这种关系的一个重要部分是其他金融机构向对冲基金提供的信用扩展,这样金融机构的交易对手风险就暴露出来。因此，传统的交易对手风险管理;(CCRM)系统就成了不受监管的对冲基金和被监管的金融机构之间的第一道防线。
CCRM必需的部分是保证金和担保规定，当金融机构为交易对手提供融资或行生品合约而使自身风险增大时，CCRM旨在通过一定的缓冲，减少交易对手在杠杆交易中的信用风险。总体上，一般金融机构要求价值不低于风险敞口的担保时才可能愿意为对冲基金提供信用。最终结算风险的减少增强了一般金融机构的信心，促进了对冲基金杠杆交易的积极融资行为。传统CCRM的其他形式包括系列风险指标，主要有内部评级、持续的风险监测和评估指标压力测试、对特定风险及资金集中度的限制和交易过程结算方案的规定，这些帮助控制和减少交易风险。
麦道夫案已经使对冲基金的监管问题成为当务之怠，而有效的监管需要准确识别和量化对冲基金的外部性，进而决定适当的政策，对对冲基金的认识主要基于对金融促进和市场扰乱两方面。
在金融促进方面，对冲基金可作为市场所荒者，发现新的市场机会，推动市场发展。对冲基金还是→系列新兴市场的风险承受者，尤其在信用衍生品市场，对冲基金管理人凭借掌握的模型获得竞争优势，看准机会入市获利并带动其他投资者加入。因此,对冲基金以积极市场参与者的定位出现，有利于场外市场的拓展和流动性提升，改善风险分配。对投资者来说，对冲基金为巾场提供不相关、低波动率的收益，对冲基金投资风格之间相关度较低，可以在股票债券市场涨跌过程中都提供有吸引力的收益，对冲基金还为市场提供长期投资解决方案，降低了传统市场周期的影响和必须准确选择买卖时机的压力。此外对冲基金可以卖空操作，在持续的熊市中，为市场提供资本保全机会，减少资本风险。由此可见，对冲基金对市场的作用不可小覷。
但同时，也不可忽视对冲基金的另一面，它同时威胁着金融市场的稳定。大型高杠杆对冲基金的失败对市场产生重大的冲击，与受监管金融机构不同，对冲基金投资并不存在杠杆上限。在危机时期，杠杆可以提高对冲基金违约的概率和损失严重程度，这次金融危机不断加深的一个很重要因素止是金融机构尤其是对冲基金的高度杠杆化。对冲基金的另一个消板影响就是以经纪业务为核心形成交易对手风险，信贷机构和证券公司提供的信贷敞口是对冲基金影响金融体系稳定性的最主要渠道，由于杠杆不受限制，大量从事高风险活动，对冲基金违约对受监管金融机构带来的风险更大。对冲基金还有一个威胁市场稳定的路径是拥挤性交易，即当这个市场下滑的时候，一旦触到止损点的时候，大家都采取相同的行为从而发生这种拥挤性交易，在短期之内造成这种市场的大起大落这会导致市场出现流动性风险，当市场处于稳定时期，对冲基金的出现可以提高流动性，而在压力条件下，当杠杆头寸出现损失时，对冲基金可能不愿意或者无法等待而成为第一个逃离市场者。随着越来越多对冲基金使用相似策略，其头寸日益相似而形成的交易拥挤正成为危机蔓延的一个重要因素。
对冲基金监管框架设计应符合对冲基金上面的这些特点，最基本原则应该不直接干预对冲基金投资策略和管理细节，不施加资本充足率管制。但应在投资者保护和信息披露方面提供适当指引，同时要监督控制影响金融稳定的关键变量，加强大规模对冲基金杠杆监控。规模与杠杆结合是系统性风险的导火索，因此杠杆监控机制的对象限于少量管理资产规模较大的对冲基金，加强对主经纪人对对冲基金敞口的监督。市场经济中约束风险的第一道防线是市场纪律，但鉴于存在利益冲突，这种市场纪律非常脆弱，因此监管者必须主动介入，加强和引导市场纪律。还要通过统计分析技术间接跟踪对冲基金交易情况，在压力时期，与其他对冲基金或市场主体的头寸相似性越高或越拥挤，市场流动性减少的风险就越高，为此需要运用统计技术采用间接方法来监测对冲基金交易的拥挤程度。同时尽量推进市场多元治理，强化间接监管措施，鉴于对冲基金策略复杂、运作不透明，要在有效控制系统性风险的同时保留其对金融稳定的独特贡献，积极推进行业协会、外部审计帅、评级机构参与对冲基金行业的多元化治理，实现各种因素相互促进，共同改进对冲基金风险治理并提高金融市场应对冲击的稳健性。
