沪港通业务实行总额度控制和每日额度控制，并分别对香港投资者投资上交所市场（沪股通）和内地投资者投资联交所（港股通）的单向总额度实施管理。在试点初期，遵循有序可控的原则，港股通的总额度为2500亿元人民帀，略小于沪股通总额度3000亿元人民帀。每日额度为105亿元人民帀，略小于沪股通的每日额度130亿元人民帀。
沪港通
在沪港通额度控制的具体分工方面，上交所证券交易服务公司对港股通的额度进行控制。
在额度统计口径方面，沪港通以投资者在交易环节发生的事项，如申报和成交金额等作为计算依据进行额度控制。至于非交易事项，诸如支付交易手续费、公司派发现金红利、利息等的资金流量均不占用额度。
在额度控制机制方面，沪港通在交易中实行每日额度控制，在收盘后进行总额度控制。
关于每日额度控制，就是上交所证券交易服务公司在交易中对订单进行监控，根据买卖订单申报、订单撤消及成交结果等实时计算当日额度余额（其中，当日额度余额的初始值为每日额度值，即港股通是105亿元人民帀）。每日额度控制机制在不同的交易时段略有差异。在联交所开市前时段内，当日额度余额用尽的，上交所证券交易服务公司将暂停接受该时段后续的买单申报，仅接受卖单申报。此后，若在该时段结束前有买单申报撤消导致当日额度余额大于零的，恢复接受后续的买单申报，直至额度再次用尽。在联交所持续交易时段内，当日额度余额用尽的，上交所证券交易服务公司将不再接受新的买单申报且当日不再恢复接受，而仅接受卖单申报。
关于总额度控制，在收盘后根据当日买卖成交净额及上一交易日总额度使用情况计算出总额度余额（总额度余额的初始值为总额度，即港股通是2500亿元人民帀）。如果总额度余额小于一个每日额度，那么下一交易日将暂停接受买单申报，但仍接受卖单申报，直至因有足够卖单成交使该余额大于一个每日额度时，下一交易日恢复接受买单申报。
