我们知道，在套利交易中，套利者的所有交易都是有成本的，只有ETF的折溢价空间大于套利者的套利成本时，套利才是一种有利可图的交易。当折溢价空间小于套利者的套利成本时，套利者无法从中获取利润，也就不会产生套利行为。
ETF套利的成本就是其交易成本，包括固定成本和变动成本。固定成本包括印花税、佣金、股票交易及ETF申购/赎回过户费、经手费和证管费等。其中，印花税系由税务机关按成交金额比例收取，佣金系由证券公司按成交金额比例收取,经手费系由交易所按成交金额比例收取，证管费系由证券监管机构按成交金额比例收取，过户费系由中登公司按成交面额比例收取。而变动成本则包括市场冲击成本和延时成本。市场冲击成本是指套利交易时需在现货市场买进卖出相当规模的股票而影响到的市场价格变化，而延时成本的意思是说，在交易过程中，买卖一篮子股票组合或基金份额时，只有等到流动性最差的交易环节也完成了交易，整个套利过程才算完成，在等待成交的过程中需要付出的成本就是延时成本。
ETF的一个完整套利过程涉及三个交易步骤，分别是ETF基金单位的买或卖、ETF成份股票的卖或买以及两者之间的转换。根据证券交易所的证券交易成本表，我们先来看看投资者完成一次ETF套利的固定费用。由于折价套利和溢价套利的步骤相反，同时上海证券交易所和深圳证券交易所的收费也稍有不同，所以我们分别用上证50ETF折价和溢价以及深证100ETF折价和溢价四种情况来逐一说明。
1.TF折价套利的固定成本分析
上表中买，人ETF和卖出股票时，券商收取的净佣金已经扣除了其他所有费用，为券商的净收益，所以对于证券公司自营业务来说,这个费用可以忽略不计。而对于普通投资者,则会有一定的费用。在不考虑券商净佣金的情况下，沪市ETF折价套利的成本不到14BP。我们还可以更直观地把成本转换成ETF的价格波动，由于ETF的最小波动价格是0.001元，因此，100万份ETF每变动0.001元，就意味着市值变动1000元，14BP就相当于0.003~0.004元，这也就是上证50ETF折价套利交易的固定成本。用同样的方法，也可以计算出其他ETF品种折价交易的固定成本。需要注意的是，固定成本中仅卖出股票组合印花税一项就有10BP,占比达到3/4左右。在当前的交易规则中，卖出股票需要缴纳印花税而卖出ETF份额无需缴纳印花税，所以溢价的交易成本会大大低于折价套利。
2.沪市ETF溢价套利的固定成本分析
与折价套利唯一不同的是，溢价套利少了单边的印花税，这就节省了大部分的固定成本。由上表可以看出，在不考虑券商净佣金的情况下，上证50ETF溢价套利的成本仅不到4BP,换算成价格波动单位，不足0.001元。
3.深市ETF折价套利的固定成本分析
对比可以看出，深市和沪市的ETF折价套利在买入和卖出过程中的经手费有所不同，但总体成本相差不多，在不考虑券商净佣金的情况下，深市ETF折价套利的成本也在I4BP左右。同沪市一样，固定成本中的印花税(10BP)一项就占到70%以上，而溢价套利无需缴纳印花税,所以溢价交易的成本会大大低于折价套利。
4.深市ETF溢价套利的固定成本分析
在不考虑券商净佣金的情况下，深市ETF溢价套利的成本不到4BP,如果换算成价格波动单位，约0.002元。
在套利交易的变动成本中，冲击成本是其中之一。冲击成本又叫流动性成本，是指一定规模数量的证券买卖委托未能按照预定价位成交,从而多支付的成本，它包含即时性和合理价格两方面要素。冲击成本的大小，既与委托交易的数量有关，也与流动性大小有关。市场的流动性越小，冲击成本越大。除了冲击成本，变动成本中还包括延时成本。延时成本是指由于投资者延长套利交易时间，导致增加套利交易的不确定性而产生的套利成本。一般来说，在交易过程中，为了降低冲击成本，扩大套利交易的规模，投资者会选择延长套利交易的时间。而延长交易时间的同时，交易的不确定性也在增加，套利者的委托指令可能不能全部成交，从而修改指令价格，导致增加成本。在实际操作中我们发现，每-次套利交易的变动成本都会有所不同，变动成本的高低一方面与市场流动性有关，另一方面也与操作者自身的经验、操作熟练程度以及是否果断等个人因素有关。我们根据经验估算,变动成本在4~10BP，如果要降低变动成本的影响，提高套利收益，还应不断总结套利得失，提高交易技巧。
