随着信贷危机的不断恶化，AIC被接管，美林与美国银行合并，雷曼兄弟轰然倒塌一系列的行业震荡让以往普遍为投资者所忽视的对手方风险成了必须顾及的首要因素。虽然比起其他交易所买卖产品，ETF的托管机制使得即便在基金发行机构倒闭的极端情况下，投资人仍可获得ETF所持有的相应一篮子股票，但却并不代表与对手方风险绝缘,这是因为ETF主要分为实物ETF(SpecieETF)和基于衍生工具的ETF(Derivatives-basedETF)两种类型，前者直接持有复制指数的一篮子股票，后者则部分甚至全部持有例如期权、掉期等等各类衍生工具，使得基金须要承担附加的对手方风险。
(1)基于衍生工具的ETF,例如领先(Lyxor)所发行的ETF,采用所谓“合成复制”策略，持有与所追踪指数无关的投资,并签订股票挂钩掉期协议，这些掉期协议将ETF所追踪指数的表现与ETF所持投资的表现交换，从而令ETF投资者收取与指数相同的回报。这样做的好处是可以节约成本以及降低跟踪误差风险，但在极端情况下却有可能因为对手方违约而令投资人蒙受重大损失。在香港上市的两只追踪中国内地A股的ETF，A50中国基金(2823)和标智沪深300中国基金(2827)由于并非直接持有A股，而是持有与A股挂钩的权证，这些权证的价值与其发行人的信贷风险相关，可能因其清盘而承担很大的对手方风险。
事实上，由IndexUniverse于2008年10月在欧洲展开的--项市场调查中，包括iShares,Lyxor,dbx-trackers,easyETF,XACT,ETFLab,ETFSe-curities以及BBVA在内的8个欧洲领先ETF管理公司中,有5家采用掉期协议。
这其中，dbx-tracker和Lyxor的掉期对手方均是其母公司，即德意志银行和法国兴业银行，iShares选择的是其基金所在地慕尼黑的本地银行Bay-erischeHypo-undVereinsbankAG,其余两家选择的也都是信贷评级几乎最高的大型跨国银行。在恶劣的信贷环境下，如果其中任何一只基金的对手银行出现问题，都会直接影响基金的投资价值和安全性。
(2)对于实物ETF,基金经理可能将持有的股票借贷，从而需承担额外的对手方风险。股票借贷一直是大型基金公司重要的业务和盈利来源，比如美国的加州养老基金(CalPers)在截至2008年6月的过去8年中,通过借出;股票获利超过12亿美元，换言之，将每年的基金回报提升了30个基点。对于指数基金和ETF的管理公司，如巴克莱、道富等，股票借出的收入也是盈利的重要来源。然而，步入2008年，股票借贷的负面影响开始逐渐显现:首先是股票借出的违约风险不断攀升，同时借出股票所获得的现金用来再投资
也往往录得亏损，此外部分国家近期颁布的禁止卖空令也使股票借贷大幅减少。在上述8家ETF管理公司中，有4家参与了股票借贷。
上述公司在借出股票时都收取了超过借贷额2.5%~10%的现金或高评级的公司债券和政府债券等资产作为抵押担保:一旦对手方违约，这笔资产可用来直接回购或变卖后回购借出股票并支付其他开支，但在近期波动剧烈|的全球金融市场，这一缓冲比例是否足够已引起业内疑虑。此外,调查显示，!以上参与股票借贷的基金都会每日根据市价为抵押品重新估值,不过尚没有
一只基金的借贷中介方提供借贷人违约赔偿(borrowerdefaultindemnity),以!确保借贷人违约并且变卖抵押品不足以回购股票时提供补偿，也就是说，一旦借贷人发生违约，ETF可能遭受超过担保缓冲的那一部分损失，这一点亦值得留意。
