金融危机以来，建立完善的多层次资本市场体系成为中国经济持续健康发展的关键因素。1990年至1993 年间，为了解决股份公司法人股的转让问题，在国务院体改委的领导下，由中国证券市场研究中心和中国人民银行共同牵头，分别成立了全国证券交易自动报价系统(即STAQ系统)和中国证券交易系统(NET系统)。
后将STAQ与NET-起,构成了中国的场外交易市场，又被称为“两网系统"。山于监管力度不足和其他方面等原因，在此系统中上市交易的企业只有17家。
1998年，证券市场进行大规模的整顿，“两网” 系统被暂时取缔。1999年9月9日，“两网” 系统正式停止运行，大量资金被套其中。
“两网”系统被正式关闭，主板公司走向退市。这一行径引发了股民群体的严重不满，甚至还有股民组织进行上访，这一时期的资本市场急需建立完善的退市机制。
为了维护资本市场的稳定，证监会决定建成一个由证券公司主办的代办股份转让系统(又称三板市场)，这个系统由中国证券协会提供自律性管理。由此，三板市场的管理模式被正式启用。
2001年6月，证券业协会发布《证券公司代办股份转让服务业务试点办法》，指定由国泰君安.国信证券、中银万国、辽宁证券等六家证券公司代办原本在“两网”系统挂牌公司的股份转让业务。
同年7月16日，三板市场正式开办。三板市场一方面 为退市后的上市公司股份提供继续流通的场所，另一方面也解决了原STAQ、NET“两网”系统历史遗留的多家企业法人股流通的问题。
2006年2月7日.国务院出台发布了《国务院关于实施<国家中长期科学和技术发展规划纲要( 2006- 2020) 若千配套政策的通知》》，其中第19条明确提出，要推进高新技术企业股份转让工作，启动中关村部分企业进人系统进行股份转让的试点工作。这一规定的出台，代表了国务院对新三板试点的认可。
2009年6月，证券业协会又先后发布了一系列新修订的规则性文件和操作性文件，这些文件的出台，证明了我国新三板市场的法律制度得以确立。
在中关村非上市股份有限公司股份报价转让试点近五年后，即2010年，新三板扩容被正式提上议事日程。
2013年1月16日，全国中小企业股份转让系统在北京揭牌。同年2月2日，中国证监会公布《全国中小企业股份转让系统业务规则(试行)》文件。
2013年12月14日，国务院出台发布了《关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》，新三板的全国扩容也呼之欲出，新三板的发展前景在这一年驶入快车道。
