新三板与产权交易市场并不具备显著的相同点，而两者间的区别在多个方面都有所体现，具体介绍如下。
1.挂牌公司不同
新三板的挂牌公司-定是符合条件的非上市股份有限公司。
而产权交易市场的交易主体并无此要求，有限公司、股份公司，甚至是拥有经营性国有资产的事业单位，都可以成为产权交易市场的交易主体。
2.交易标的不同
新三板是纯粹的股权交易平台，其交易标的是非上市股份有限公司的股权。而产权交易市场则没有区分资产与股权的概念，其交易标的包含股权，也涉及知识产权、技术产权、金融业产权等企业资产。所以从严格意义上来讲，产权交易市场并不能被视为我国的证券市场的一部分，目前只能将其归为“场外交易市场”。
3.交易制度不同
新三板的交易制度是由买卖双方在协商议价后，再通过证券公司的委托报价和深圳证券交易所的清算进行交割，从而完成交易的。
而产权交易市场实际上并不存在交易系统，也不需要线上交易，只需要在监管部门的督导下完成产权交易即可。
4.管理机构不同
新三板目前由中国证券业协会监管;产权交易市场则由地方的国有资产管理部广负责监管。
5.交易监管规则不同
新三板的监管规则在挂牌公司信息披露、治理结构、财务数据等方面都比照了上市公司的要求，只是在具体标准上有所降低。
而产权交易市场的监管规则是由各地主管部门制订的，通常没有太多的限制，只是对国有资产的转让方面具有严格的评估标准和评估程序。
