1.三者的内涵和外延不同
机制指的是系统内各要素的相互作用及其功能；体制指的是系统中的组织制度，强调系统的层级关系或管理关系；制度指的是一种规则，在一个系统中，靠制度制约体制和机制，同时，体制和机制又对制度的巩固与发展起着积极的促进作用。
机制、体制和制度的区别是什么？
2.三者形成和确立时的特点不同
制度体现在安排中，机制体现在运行中，体制体现在建设中。也就是说，体制的形成和确立具有即时性的特点，而机制、制度的形成和确立则更具有过程性的特点。”“例如《关于建立社会主义市场经济体制若干间题的决定》一经中国共产党十四届三中全会通过，就意味着中国的经济体制改变了，也就是说市场经济体制在中国就确立了。但是，市场经济制度的建立和完善以及市场经济运行机制的形成和稳定运行则需要一个相当长的过程。
3三者位于国家或社会某一系统结构的不同层面
制度位于系统的宏观层面，着重强调系统的整体结构；体制位于系统的中观层面，着重强调系统的外在形式；机制位于系统的微观层面，着重强调系统的运行方式。三者在系统的不同层面上有着各自的特殊规定和功能定位，发挥不同的作用。
