（1）企业行为目标的错位
全流通时代，国家和地方为了促进产业结构调整和升级，会出台一系列信贷和税收优惠政策促进企业间的兼并重组，企业并购重组活动日益频繁。但有些企业为了获得信贷和税收优惠等优惠政策而进行并购重组，它们并购重组的目的并非完全取决于企业资产的正常组合需要，而是出于短期的经济利益，或是出于非经济的需要。如果没有这些优惠政策，这些企业就不能或不会重组。还有一些公司为了避免陷入亏损行列或是为了获得配股资格以并购重组来解决燃眉之急，达到获利目的，导致了企业的行为目标错位。
（2）企业资产扩张的盲目
并购重组是企业低成本扩张的一条途径，但如果没有利用好，盲目扩张，就会适得其反。比如有些企业不仅在本行业中大量并购，而且跨行业并购，有时兼并许多没有优势的企业。不少企业集团为了分散企业经营风险，稳定发展企业，提出发展自己的支柱产业，实行多元化经营。从表面上看，多元化经营，使企业不把所有的鸡蛋放在一个篮子里，似乎分散了风险，但企业忽略了自身的发展战略，没有意识到规模过大的资产可能导致治理结构的失控，业务多元化可能降低盈利能力，拖垮主营业务，副业也难以搞好，从而使多元化经营走人困境，最后导致并购的失败。
（3）企业并购中的国有资产流失
按照国家有关规定，在企业并购过程中，应当对被并购企业的国有资产进行评估，以便为资产交易双方提供公允的价格依据。但在实际中，部分国有企业的主管部门，为了尽快实现国有资产的变现，甩掉债务包袱，在并购中的操作不规范，仅以资产的账面价值作为确认结果，造成了国有资产大量流失，主要表现在：一是将国有资产低估或不进行评估就低价人股。如在重组中，对国有资产高值低估。常见手法是对有形资产按原价折合人股，如对土地、房产等不动产按原购价评估，不计升值部分。有些企业甚至把原来国家拨给的土地，不计价划作自己企业的法人股。二是在并购中国有企业的无形资产被忽视，进一步加剧了国有资产的流失。其现象为对国有资产中的专利、商标、著作、专有技术及品牌等无形资产，不予评估或按极低的价格评估。在外资上市公司收购国有企业时，国有企业往往不重视其享有的优惠用电权、优惠利率贷款权、优越地理位置、营销网络、土地使用权、租赁权、特许经营权、专有技术、商标权、商誉等无形资产，低估或少估上述无形资产的价值，使外商能够以较低的价格收购，造成了国有资产的直接流失。三是民营企业在并购国有企业时，往往借并购谈判之机窃取国有企业的专有技术和商业秘密，以并购为名冒用国有企业的商标品牌，导致被兼并企业无形资产的流失。
（4）外资并购带来的隐患
全流通时代，外资并购我国企业带来好处的同时，也使我国资本市场承受着国际风险的冲击和压力，并给监管和市场监察带来新的难题。在外企并购国有企业过程中，外企为了达到控股的目的，在并购时出资不到位，而且千方百计压低国有资产的价值，或者是压低股权转让的价格，或以设备投资时虚报高价，在报价中，质次价高，低价高报，或者是价比不合理，严重损害中方利益，从而仅以少量资金达到控股的目的。有些外企在并购国有企业后，将其在企业中拥有的股份，转手出让给其他外国公司，或是在海外注册控股公司上市，募集资金，牟取暴利。还有些外资企业为了整合产业，控制优势资源，垄断行业，消灭潜在竞争对手，在并购过程中采取一些专家学者所称谓的“斩首行动”，即选择弱势行业里的龙头行业，把龙头拿下，控制该行业某一个地区甚至全国的生产网络。最终结果往往是中方在付出了企业资产、市场份额、品牌价值、专利技术、改制的人力与财务成本后，苦撑亏损的合资企业数年，被外资用少量的资金扫地出门。此外，还有一些外资控股股东，利用其控股地位和信息优势，通过泄露信息来达到不正当获利的目的。如此种种外资并购现象给我国经济安全带来了隐患。
（5）监管机构面临新挑战
全流通条件下，公司并购将日益活跃。根据“经济人”的假设，上市公司大股东会利用其信息优势，以持有可流通股票以及小股东无法分享的控制权为契机，进行内幕交易，操纵市场，提高未来股票转让价格以谋求自身利益最大化，从而侵蚀中小股东权益。例如通过操纵资产重组，为了降低股价先把优质资产转移出去，为了抬高股价，在控制之后再注人优质资产，同时，上市公司并购重组中，还可能发生收购人无实力、不诚信，以及原控股股东掏空上市公司后金蝉脱壳等问题。有些企业采取了股权激励的方式，把股价与管理层的收益联系起来，股价涨跌意味着管理层收益的升降。因此管理层为了自身的利益，一方面可能利用自己的优势操纵利润以提高股价；另一方面采用管理层收购（MBO）激励方式，管理层就会打压股价以降低收购成本。所有这些现象给监管机构带来了工作的难度。
