对冲基金的分类方法有很多种，其中最简单的就是根据基金买入和卖出的资产类型来分类。例如，我们可以把基金分为股票基金、债券基金、货币市场工具基金和期货基金。
由于大多数的基金是股票基金，所以这一类的基金可以再细分为技术基金(technology)、大盘股基金(large-cap)、中盘股基金(mid-cap)、小盘股基金(small-cap)、超小盘股基金(micro-cap)、价值型基金(value)、成长型基金(growth)、机会型基金(opportunistic),以及其他能够说明其投资策略的词汇来区分基金。对冲基金也可以根据其买卖证券的所在地进行分类，当然美国基金、欧洲基金这种分类方法实在是宽泛得失去实用性了。
根据这种分类方法，我们可以得到亚洲基金、环太平洋基金、俄罗斯基金、东欧基金、拉美基金，这些基金专门投资于某一地区的各种投资工具(包括股票和债券),所以用这种分类方法是不能够完全描述基金性质的。
这种分类方法得到的基金的共同特点是，它们对于影响这一地区证券市场的因素非常了解，比如说经济因素、信用风险、政治因素等等。基金的交易工具也可以用做基金分类的依据,按这种方法，我们可以将基金分为三种，
一种是完全依靠对数据的技术分析(technical analysis)做出投资决策的基金，这里所指的技术分析，包括使用以历史价格、历史收益率、历史汇率的变化情况和走势来确定交易策略的各种模型和分析技术。
另一种是完全依靠对基本面因素的分析做出投资决策的基金，这里的因素包括从公司信息、产业信息，到整个宏观经济的相关信息。
第三种基金我们称之为宏观基金(macro fund),其投资决策的制定主要是以一国和全球的经济数据和政治信息为依据的。基金通常可以简单地分为基本面分析基金、技术分析基金和宏观基金，其他基金将这几个分析因素结合到一起来增加收益或减少损失的概率。
自由决定基金(discretionary funds)就是一种综合不同类型数据、信息进行投资决策的基金。另外，如果一个基金主要以基本面分析、技术分析或宏观分析为决策依据，但是经常主观地从一种分析模型转向另一种分析模型，那么它也被称作自由决定基金。基金经理的投资决策程序的方式也是一种基金分类的方法。
在基本面分析类基金中，基金可以进一步分为自上而下的基金(top down)和自下而上的基金(bottom up),典型的自下而上基金投资决策过程是以企业的基本面分析和预测为开端的，对单个证券的评价主要依据对这家企业的分析预测结果。对整个部门和整个证券市场的收益预期是建立在综合所有证券和企业的评价结果基础上的。
相比较而言，自上而下的基金的投资决策过程首先假定整个宏观经济决定整个股票市场收益和评价，即使对个别企业的分析预测，也是与对整个市场的分析预测有紧密联系的。宏观基金通常是自上而下的基金，股票基金通常是自下而上的基金。在自上而下基金或自下而上基金的决策结构中，个别决策可以是以数量化模型或质量评价为依据的。
虽然不同的数量化模型之间可能有很大差别，但是都是以过去的市场行为(用基本面数据或技术分析数据)作为预测未来的市场行为的依据。相反，定性分析基金(qualitative fund)则是依据董事会的投票结果制定投资决策。
过去，基金在多大程度上根据模型的结果做出决策也是有很大差别的。基金有时把自己称为自由决定基金或非自由决定基金，这样做一般并不是出于基金营销的考虑，但是却往往对基金营销有重要影响。
最后，对冲基金也分为对冲基金和准对冲基金，购买危机企业证券(distress security)和短期股票的基金几乎很难改变在这类资产上所具有的收益特点。一些对冲基金的参与者主张投资这种选择性资产的基金并不是对冲基金。因为对冲基金本身就是选择性资产，这种差别对于潜在的投资者来说没什么意义。
