目前，深圳证券市场的主管机关是中国人民银行深圳经济特区分行。
这一格局的形成主要有以下几方面的原因:
1、从世界，上其他国家的经验看，不少国家都直接或间接吸收中央银行的代表参加证券市场的监督管理，中央银行在证券市场的监督管理中无疑发挥着不可或缺的重要作用。有的国家中央银行本身就是证券市场的主管机关，有的则在证券管理委员会中派有中央银行的代表。
2、在目前，中国人民银行是国家授权的唯一的证券管理机构。根据《中华人民共和国银行管理条例》第二章第五条规定，中国人民银行是国家领导和管理全国金融事业的国家机关，职能之是管理企业股票、 债券等有价证券的发行和交易， 管理金融市场。这样做的好处是统一协调直接融资和间接融资的管理。统一调控全社会资金总规模。中国人民银行深圳经济特区分行是中国人民银行的派出机关，现在是深圳证券市场的主管机关，在中国人民银行总行和深圳市政府的领导下，管理深圳证券市场。
3、人民银行管理证券市场，相对比较超脱，有利于对证券市场实行公正、严格的监督管理。人民银行是中央政府的金融管理机关,不以盈利为目的，不追求自身及部门、地方的局部利益，能够从全局利益出发对证券市场实行公正、超脱和严格的监管，有利于克服地方和部门在发展证券市场上可能出现的盲目和冲动，同时防止部分人通过操纵市场去追求自身的利益。
4、人民银行是国家宏观调控的主要部门，可以对证券市场进行有效的调节。证券市场是高度发达的市场，经济调控手段对于引导市场的正常发展有重要作用。人民银行可以利用中央银行的地位对市场进行调节。一方面可以直接调节专业银行及其他金融机构的活动，另一方面可以通过这些金融机构调节企业和广大社会公众的金融活动，从而达到调节证券市场的目的。
5、人民银行已经有了多年管理各种债券市场的经验,拥有完善证券市场所必需的基础条件，包括机构、人员、规章办法及监控系统。面对近年来迅速发展的证券市场，能够迅速调整内部资源，为推动市场的建设和发展服务。正因为此，证券市场诞生至今，一直由人民银行行使着主要的监管职能。
但是，这种格局也暴露出一定的局限性，尤其是股票市场牵涉到方方面面,涉及到很多部门，以人民银行为主管,有时很难协调好一些部门之间的利益关系，在政策、措施的制定与实施上，很难做到步调一致、口径一致。事实上，目前有在股市的很多环节是由市体改委、投资管理部门、工商管理部门、财政、监管等部分散管理的。
同时，人民银行也是政府的一个职能部门，由人民银行主管，对市场的行政干预色彩太浓，带来的问题往往也要由政府来承担。
而目前深圳市证券市场领导小组只是一个松散性组织，不具权威性，在一些政策措施的制定上容易为一些有利益倾向的部门和个人所左右,人云亦云,甚至朝令夕改。因此，有必要建立一个更权威、更超脱的机构一证券管理委 员会，在吸收专家参加的基础上来统一协调、领导和管理股份制改革和股市试点，以克服部门分割和部门利益冲突带来的弊端。
