ETF在交易所内进行买卖，如果投资人想卖掉所持有的巨量基金份额的话，可能市场上没有这么多的量来承接，因此可能造成卖掉的价格会低于基金净值的情况，这就是ETF的流动性问题。研究表明:每日成交量并不是评估ETF流动性很好的方法。原因有以下三点:
(1)由于ETF的份额是通过实物申购产生的，总规模并非固定，因此没有所谓的筹码问题。
(2)ETF不但可在二级市场交易，更可随时在一级市场进行实物申购与赎回，只要此一篮子成份股的流动性好，易于在二级市场上买卖，就可对ETF的流动性造成推波助澜的效果。因此在评估ETF流动性时，ETF标的股票的流动性反而更加重要。
(3)由于ETF有参与券商的存在，在市场需求不足时,可通过参与券商的造市活跃市场，在市场供给不足时，则参与券商或投资人可通过实物创设的机制创造出更多的ETF基金份额。
机构投资者在遇到流动性不足时，也可通过实物赎回方式取得一篮子成份股，而后在二级市场中卖出。此方式无论就复杂性、交易成本都高于直接出售ETF基金份额，因此活跃ETF二级市场交易,才是解决流动性问题的最佳方式，如何提升ETF二级市场流动性呢?
(1)开放盘中零股买卖。许多市场的零股交易仅在盘后提供,对于ETF的申购与赎回机制来说，无法进行正常的零股买卖将造成申购或赎回ETF单位时相对的折溢价差，香港市场允许零股在盘中交易，因此能将ETF价格与其净值之间的差异降至最低。
(2)开放更多相关衍生品。就国际经验分析，商品线是否完整，将严重影响ETF于二级市场的成交量高低。目前全球资产规模前十大的ETFs之中，几乎每一档ETF都有相对应的期货以及选择权工具(只有埃雪MSCI远东指数基金没有相对应的期货工具)，而这10档ETFs也全部列入全球交易量最大的20档ETFs之中，显示ETF相关衍生工具对其交易的重要性。
(3)发展跨业合作。ETF在海外成功的关键之一在于其跨业合作，例如券商以ETF为标的，开发出相关的连动产品、股票联动票据、认购权证等;保险业推出联结ETF的投资型保单;银行推出定期定额投资ETF以及指定用途信托投资ETF;开放式基金将现金部位投资于ETF。随着ETF交易量越来越大，资产规模持续增加，衍生性的商机将会越来越大，并且与ETF资产规模形成良性循环，对投资人而言，也有更多机会了解ETF这项产品。
(4)扩大外资参与。由目前全球趋势来看，指数投资已逐渐成为各国基金经理人在面对全球数以万计的投资标的时，最简单、直接的投资方式。以基金市场最发达的欧美地区为例，美国有九成以上的股票型基金经理人以MSCI指数为参考指标，欧洲方面同样的数据也高达60%以上，一般来说，指数愈能代表当地市场状况，外资的持股部位也会随之增加。以全球公认交易最活跃、周转率最高的ETF一“丘比”来看，它不仅在美国证券交易所挂牌，同时还在电子交易系统(ECN)的爱尔兰(Island)和群岛(Archipela-go)交易系统上交易。“丘比”在上市之后，由于纳斯达克100指数构成中科技股的比例极高，因此很快吸引投资人的目光，后来虽然国际网络泡沫破灭，但“丘比”以多国挂牌方式，让更多国家的资金愿意参与其交易，交易量不减反增。
