ETF交易市场分为一级市场和二级市场，投资人可以在这两个市场买卖ETF。在二级市场，一般投资者把ETF当成一只上市的股票或是上市的基金就可以。在一级市场，对于资金量较大的个人、机构投资者或自营商来说，如果自营商符合交易所规定的标准而且与ETF的管理公司完成了签约的程序，他们就可以通过一级市场创设或赎回ETF,也就是通常所说的实物申购与赎回。
ETF的一级市场交易模式
由于ETF采用的是“开放式的信托架构”与“指数证券化”的概念，因此有个非常特殊的创设与赎回机制，可使ETF的资产净值与当前市价差距几乎为零，否则将出现套利机会，该套利机制仅提供给一级市场交易。本交易有两项特色:
一是ETF的一级市场交易仅允许参与券商(我国称为一级交易商)进行。所谓参与券商(ParticipatingDealer;PD或AuthorizedParticipant;AP)是指与ETF发行人签订了参与契约(ParticipatingAgreement),可自营或代理非一级交易商及其他投资者的ETF申购、赎回等相关业务的中介机构。ETF的申购与赎回必须通过指定的参与证券商来进行。当然作为股票经纪商，参与券商也完全可以代理ETF二级市场的买卖交易。由于ETF的申购赎回是进行套利的重要环节，因此ETF套利离不开参与券商的代理服务。
二是创设与赎回机制必须以实物进行，而非传统的现金交易，也就是说参与券商必须拿一篮子股票来换ETF基金份额，或是用ETF基金份额赎回一篮子股票。创设机制是指申购人可以于任何一交易日，委托参与证券商依规定程序，以组成实物申购对价的股票以及现金差额向基金管理公司进行实物申购。赎回机制与创设机制相反，投资人将最小申赎单位或其整数倍的ETF基金份额交还ETF管理人，管理人则依照指数权重将固定比例的股票及现金差额转入投资人在证券交易所的托管账户。
需要说明的是，无论申购或赎回都是以实物股票的形式来进行，而非现金交易。而且，ETF在一级市场的申购赎回交易有最低交易单位的限制，称为最小申购赎回单位。每一只EIF申购赎回的最小申购赎回单位可能不同，如上证50ETF最小申购赎回单位为100万份，中小板ETF最小申购赎回单位为50万份，等等。
ETF的二级市场交易模式
在二级市场中，买卖ETF的方式和买卖一般上市的股票-样，投资者只要在任何合法的证券经纪商开立股票账户就可以买卖。在交易时只需要通过电话、互联网或自助委托，就可以进行买进或卖出的操作。一般的封闭式基金有涨跌幅度限制，而ETF作为开放式基金，其标的证券都是股票，所以也有涨跌幅度的范围，不会超过股票的涨跌幅度限制。对于一般的投资者而言，ETF的交易与封闭式基金相当类似，都能随时在交易所买卖，价格也随时变化，几乎没有特别之处，而市场上的普通开放式基金只能按收盘净值申购赎回。
值得注意的是，ETF的市价是紧贴净值，并不会像封闭式基金一样出现大幅折溢价。ETF之所以不会出现大幅折溢价，其原因在于其独特的申购赎回机制将ETF的一级、二级市场连通起来。简单地说，当ETF的二级市场交易价格相对其资产净值发生溢价情况时，投资人往往会先买进与ETF指数组成结构一致的“实物股票组合”，然后在一级市场申购ETF,再将ETF在二级市场以高于资产净值的价格卖出以赚取中间价差;反之，当ETF的价格相对于其资产净值发生折价情况时，投资者就会在二级市场以低于资产净值的价格大量买进ETF,然后在一级市场赎回ETF,换成股票组合，再在二级市场将股票卖出而获利。
由于申购赎回机制的应用，每当ETF在一级市场与二级市场之间出现折溢价情况，投资者的套利买卖就会随之而至，从而缩小两个市场之间的价差，使一般投资者在交易所(二级市场)实际进行的交易价格与净值几乎完全一致，这就表示ETF基本不会像封闭式基金一样出现大幅折价或溢价的情况。此外，对ETF的管理人而言，由于申购赎回都以股票进行，因此也不会遇到开放式基金的现金赎回压力，基金管理人不用保留大量资金来应对赎回，就能让资金获得更充分的运用。
因为ETF拥有一套申购赎回机制，令其不会像封闭式基金一样有固定的资产规模，因而每一只ETF都没有规模上限。这样，即使投资人放空ETF,也会因为申购赎回机制而出现相对应的买方进行ETF受益凭证的申购，以提供投资人放空ETF部位，这也说明了为何ETF的资产净值并不会随着投资人放空而大幅下滑。
此套利机制让机构投资者乐于积极参与ETF交易，进而带动整体ETF的活跃。而套利活动在市场非常活跃时，ETF的折溢价空间将会逐步缩小，当ETF在二级市场的报价与资产净值趋于一致时，又会加强一般散户投资者投资ETF的意愿，进而促使整体ETF市场更加蓬勃发展。
虽然投资者可以直接买卖ETF,也可以通过申购赎回机制获得ETF基金份额，但是一级市场的申购赎回有起点要求，一般都在百万元以上，这就将中小投资者排除在一级市场交易之外。或许一般人会觉得申购赎回交易机制不够公平，门槛太高，但如果投资者要拿一个ETF基金份额去一级市场赎回，不但基金管理公司必须准备零股，而且投资人换回时拿到的也是零股，势必造成双方的困扰与交易成本的提升，当基金公司成本增加时，还是会转嫁到投资者身上。因此ETF申购赎回机制的数量限制，虽然造成了只有大额的个人或机构投资者能够参与，但散户投资者享受到了低交易费的产品。机构投资者进行申购赎回操作的同时，解决了封闭式基金大幅折溢价的问题。对一般投资者来说，折溢价缩小的好处在于投资者不会有买高卖低的现象，在市场上买卖的价格是个非常公平的价格。从这个角度看，散户投资者虽然无法参与申购赎回，但充分享受了这种独特的机制带来的好处。
