首先，先说一下营改增的影响。从现有的税法条文来看，上市公司股票的买卖按照差价适用金融商品转让作为含税价缴纳增值税，而对于转让非上市公司股权而言则延续股权转让所得免征增值税的优惠政策。而新三板公司兼具非上市公司的属性，但因其在一定程度上有公开的报价而具有上市公司股票的属性。因此，是否缴纳增值税成为有争议的税收事项。根据对税收法规的理解，在法律未完善的情况下，新三板公司转让纳税人主动进行增值税申报，税务机关应不会退回；若纳税人不主动进行申报，在现有情况下，税务机关可能亦不会视为偷税漏税。但存在税务机关进行追缴的风险。
新三板企业股权转让缴纳增值税吗？
因此，在现行情况下，新三板公司转让按照金融商品转让进行增值税的缴纳，是较为稳妥的税收处理方法。相信随着税收法规的进一步完善，针对新三板公司转让的涉税处理会更加明晰。
