全国股份转让系统与证券交易所的共同点是同为全国性股权交易市场，但也存在明显区别。主要区别在于：
1.平台类型不同。
全国股份转让系统是非上市股份有限公司股权转让平台；证券交易所是上市股份有限公司股权交易平台。
2.服务对象不同。
《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》(以下简称《国务院决定》)明确了全国股份转让系统的定位主要是为创新型、创业型和成长型中、小、微企业发展服务。这类企业普遍规模较小，尚未形成稳定的盈利模式。在准入条件上，不设财务门槛，申请挂牌的公司可以尚未盈利，只要股权结构清晰、经营合法规范、公司治理健全、业务明确并履行信息披露义务的股份公司，均可以经主办券商推荐申请在全国股份转让系统挂牌。
3.投资者群体不同。
我国证券交易所的投资者结构以中小投资者为主；而全国股份转让系统实行了较为严格的投资者适当性制度，未来的发展方向将是一个以机构投资者为主的市场，这类投资者普遍具有较强的风险识别与承受能力。
4.全国股份转让系统。
全国股份转让系统是中小微企业与产业资本的服务媒介，主要是为企业发展、资本投入与退出服务，不以交易为主要目的。
