新三板交易规则指的是在代办股份转让系统中对主体资格、交易规则、报价规则和登记结算等几方面出具的相关要求，主要表现在以下几个方面。
1.主体资格认证
新三板交易以机构投资者为主。自然人仅限特定情况才允许投资。且新三板对自然人设置了一定的投资限制，具体条件如下:
(1)需要两年以上证券投资经验(以投资者本人名下账户在全国中小企业股份转让系统、上海证券交易所或深圳证券交易所发生首笔股票交易之日为投资经验的起算时点)，或者具有会计、金融、投资、财经等相关专业背景。
(2)投资者本人名下前一交易日日终证券类资产市值在500万元人民币以上。证券类资产包括客户交易结算资金、股票、基金、债券、券商集合理财产品等，信用证券账户资产除外。
2.实行股份转让限售期
新三板对特定主体持有股份规定限售期，另对挂牌前增资、控股股东及实际控制人转让股份等也分别规定了限售期。
3.设定股份交易最低限额
新三板设定了股份交易最低限额，即每次交易要求不得低于1000股。如投资者证券账户某一股份余额不足1000股的，只能一次性委托卖出。
4.交易须由主办券商代理
新三板的交易方式有场外自由对接和定价委托两种，详细介绍如下。
(1)场外自由对接。投资者买卖双方在场外自由对接，协商并确定买卖意向，再回到新三板市场，委托主办券商办理申报、确认成交并结算。
(2)定价委托。买卖双方向主办券商做出定价委托，委托主办券商按其指定的价格买卖不超过其确定数量的股份，主办券商接到此委托后，并不积极作为，寻找相应的买家或卖家，而是将定价委托申报至股权代办转让系统登记备案，并等待一个认可此价格的买家或卖家出现，对手方如同意此定价且愿意为此交易，仍需委托主办券商做出成交确认委托，一旦该委托由主办券商做出成交确认申请,并在标的股份存在且充足、买方资金充足的情况下，交易才能成立。但需要注意的是，这两种方式最终都需要由主办券商代理。
5.依托新三板代办交易系统
新三板代办交易系统依托于深圳证券交易所建设，与中小板、创业板等并列于深圳交易所交易系统。
6.投资者委托交易
投资者委托分为意向委托、定价委托和成交确认委托，委托当日有效。意向委托、定价委托和成交确认委托均可撤销，但已经报价系统确认成交的委托不得撤销或变更。
7.分级结算原则
新三板交易制度对股份和资金的结算实行分级结算原则。分级结算是指证券登记结算机构与证券公司等结算参与人进行资金和证券的法人结算(又称一级结算) ;证券公司再与投资者进行二级结算。
