总体上，沪港通与QFII(合格境外机构投资者)、QDII(合格境内机构投资者)制度具有一定的共同之处，都是在我国资本账户尚未完全开放的背景下，为进一步丰富跨境投资方式，加强资本市场对外开放程度而做出的特殊安排。
在具体制度安排上，沪港通与QFII, QDII又存在以下主要区别。
1.业务载体不同
沪港通是以两地交易所为载体，互相建立起市场连接，并对订单进行路由，从而帮助投资者实现跨市场投资。而QFII和QDII则以资产管理公司为载体，通过向投资者发行余融产品吸收资金来进行投资。
2.投资方向不同
沪港通包含两个投资方向，分别是香港投资者投资上交所市场的沪股通和内地投资者投资香港市场的港股通。QFII和QDII则是单向的投资方式。
3.交易货币不同
沪港通投资者仅以人民币作为交易货币，无论是内地投资者还是香港投资者均需以人民币进行投资。QFII和QDII的投资者则以美元等外币进行投资。
4.跨境资金管理方式不同
沪港通对资金实施闭合路径管理，卖出股票获得的资金必须沿原路径返回，不能留存在当地市场。QFII和QDII买卖证券的资金则可以留存在当地市场。
这样看，沪港通与QFII, QDII存在一定差异，且不会对后者等现行制度的正常运行造成影响，反而可以更好地实现优势互补，为投资者跨境投资提供豆功口灵活的选择，在促进我国资本市场双向开放方面发挥积极的作用。
