虽然说杜邦分析方法是一种综合性很强的方法，但是从企业绩效评价的角度来看，杜邦分析法只包括财务方面的信息，不能全面反映企业的实力，有很大的局限性，在实际运用中需要加以注意，必须结合企业的其他信息加以分析。
主要表现在:
(1)对短期财务结果过分重视，有可能助长公司管理层的短期行为，忽略企业长期的价值创造。
(2)财务指标反映的是企业过去的经营业绩，衡量工业时代的企业能够满足要求。但在目前的信息时代，顾客、供应商、雇员、技术创新等因素对企业经营业绩的影响越来越大，而杜邦分析法在这些方面是无能为力的。
(3)在目前的市场环境中，企业的无形资产对提高企业的长期竞争力至关重要，杜邦分析法不能解决无形资产的估值问题。
(4)杜邦分析法不能完整地评价财务融资活动。
在上述实例中，MA公司的资产负债率为17.19%，权益乘数为1.21，公司利用债务融资能力不强，因为其股东每出1个单位资金，公司仅能用到 1.21个单位的资金，而行业中优秀企业的股东每出1个单位资金，企业能用到3.12个单位的资金。
由于MA公司负债率较低，利息支出相对较低，故财务费用也较低，它对公司的获利能力起了贡献作用。那么7.19%的资产负债率对提高该公司的获利能力到底一是件好事还是坏事，然而，传统杜邦分析法对此不能给出答案。
(5）企业全部活动分为经营活动和财务活动，因而企业的财务比率与经营活动紧密相联。
从MA公司的杜邦模型图中可以看出，其资产净利润率并不能准确地反映企业经营活动的获利能力，销售净利润率能准确地反映经营活动的成本费用控制水平，因为它的分子中包括了财务，用，也考虑了所得税的影响。在图中杜邦分析法虽然也将企业的活动分为经营活动和财务活动，但这种分法并不彻底，其反映经营活动获利能力的资产净利润率还夹杂着财务费用的影响。
综上所述，杜邦分析法以权益净利率为主线，将企业在某一时期的销售成果以及资产营运状况全面联系在一起，层层分解，逐步深入，构成一个完整的分析体系。它能较好地帮助管理者发现企业财务和经营管理中存在的问题，能够为改善企业经营管理提供十分有价值的信息，因而得到普遍的认同，并在实际工作中得到广泛的应用。
但是杜邦分析法毕竟是财务分析方法的一种，作为一种综合分析方法，并不排斥其他财务分析方法。相反，若与其他分析方法相结合，不仅可以弥补自身的缺陷和不足，而且也弥补了其他方法的缺点，使得分析结果更完整、更科学。比如以杜邦分析为基础，结合专项分析进行一些后续分析，就能够对有关问题作更深更细致的分析了解；也可结合比较分析法和趋势分析法，将不同时期的杜邦分析结果进行对比趋势化，从而形成动态分析，找出财务变化的规律，为预测、决策提供依据；或者与一些企业财务风险分析方法结合，进行必要的风险分析，也为管理者提供依据，所以这种结合，实质也是杜邦分析法自身发展的需摇要。分析者在应用时，应注意这一点。
