国内上市公司估值困难的直接原因在于国内公司的信息披露质量。在国外，信息披露是主动的，总是以如何让投资者更清晰地分析公司为核心。因为如果分析员无法对公司有清晰的认识，就无法作出合理的判断，造成的结果可能就是投资者放弃该股票而导致股票价格的下降和由此造成的股东利益的损失。而在国内，由于大股东的股份通常是不流通的，因此股价并不会对大股东的利益有任何影响，因此也就不会对上市公司的高级管理人员的利益有任何的影响。造成的结果是上市公司没有信息披露的内在动力，信息的披露总是被动的，甚至很多上市公司不愿意让投资者知道更多的情况。披露出的报表即使对于专业人员也晦涩难懂，无法把握分析公司的要点。这方面的情况简单比较一下两地上市的仪征化纤股份有限公司向不同投资者披露的财务报表就能一目了然。
近几年，财政部和证监会不断出台新规定以规范国内上市公司的信息披露，其中较为重要的包括要求上市公司披露扣除非经常性损益后的净利润等。总体来看，上市公司的信息披露水平取得了一定的进步，但是效果并不能使人满意。希望随着全流通改革的进行，这种情况能逐渐改善。
背景知识：扣除非经常性损益后的净利润
为准确考核上市公司的盈利能力，中国证监会要求上市公司从1999年开始披露更能反映其基本面收益情况的指标—扣除非经常性损益后的净利润。证监会最早在《公开发行证券的公司信息披露内容与格式准则第I号一招股说明书》就提出了“非经常性损益”的概念，但对此概念的内涵、外延没有给出清晰的界定。2001年4月25日，证监会颁布了《公开发行证券的公司信息披露规范问答第1号—非经常性损益》，并于2004年I月16日对其进行了修订。
非经常性损益主要包括如下内容:
(1)处置长期股权投资、固定资产、在建工程、无形资产等产生的损益:
(2)越权审批或无正式批准文件的税收返还、减免，各种形式的政府补贴;
(3)对非金融企业收取的资金占用费、短期投资损益、委托投资损益;
(4)营业外收入、支出(资产减值准备除外):
(5)债务重组损益、资产置换损益等。
但扣除非经常性损益后的净利润这一概念实际使用起来却困难重重。非经常性损益在披露中为合并性调整项，无法将其细分到损益表的各个科目中。因此，仅了解非经常性损益并不能重现上市公司业务状况。
目前对国内上市公司估值的困难主要表现在以下几个方面:
在“母公司—上市公司”结构下，大量复杂的关联交易使上市公司的经营绩效失真。
国有企业固有投资冲动、普通投资者对公司投资政策无发言权，上市公司通常将资金用于金额庞大、无关主业的长期投资。
上市公司倾向于少分红或不分红，大股东通过各种形式的资金占用而非分红获取回报，被占用的资金往往难以回收。
国内上市公司通常倾向于保持大量现金，这部分现金对公司的正常经营没有任何作用，其实质为超额现金。
背景知识：最低现金和超额现金
我们将公司维持正常经营所需要保持的现金水平称为最低现金。一般认为，最低现金应为公司销售收入的一定比率，具体比率由公司所在行业的特点决定。
现金总额中超过最低现金的部分称为超额现金。超额现金通常表示公司现金流的暂时不平衡，与公司经营没有直接关系。
由于短期投资具有很强的变现能力，而在有效市场的很设下，短期投资的风险正好和其预期的收益水平相当，短期投资未来收益的净现值为零，短期投资的价值就等于其现值。因此，短期投资也被认为是超额现金的组成部分。
公司最低现金的数量可以通过横向比较和纵向比较两种方法加以确定。
纵向比较:对公司历史现金的变化进行分析，找出公司现金变化以及现金变化和其他经营指标之间的一般规律，然后确定公司在目前状况下的合理最低现金数额。
横向比较:对行业内的可比公司进行分析，得出行业正常的最低现金比率，从而计算出公司正常的最低现金数额。
上市公司普遍存在相当比重的补贴收入，以税收返还形式进行的补贴收入以及各种形式的税收优惠使上市公司的实际税负难以把握。
由于会计制度和信息披露政策的经常性变动，使财务信息的连续性受到了极大的损害。
