基金会与捐赠基金一样是税收豁免机构，也许同样是因为不受税收的影响(税收阻碍了高收入个人投资者介入对冲基金),基金会投入对冲基金的投资占其总投资的比重很大。
基金会也很在意营业外应税收入条款，因此，投资高杠杆比率的基金会带来收益缴税的风险。所以与捐赠基金一样，基金会偏好低杠杆率的对冲基金。基金会一般是长线投资者，但比捐赠基金的持有期要短。
对于主动从潜在赞助者那里争取资金的基金会会发现，其投资的良好业绩有助于为基金会争取更多的资金。基金会也一样依靠投资顾问来选择投资对冲基金的类型、选择基金经理和对基金经理进行尽职调查。
在应对短期股票组合出现的损失时，捐赠基金和基金会都增加对冲基金的投资而相应减少在传统股票和债券上的投资。
根据2002年4月份公布的一项研究报告,一份由Commonfund公司进行的调查结果显示，基金会和捐赠基金在选择性资产(alternative assets) (包括对冲基金和私募发行证券)上的投资增加了9%,在股票上的投资比重下降了同样比例。
这项研究也同时说明了这些基金持有现金的比例增加了3%,固定收益类证券的投资下降了相近的比例。
