大学是最早参与对冲基金投资的机构之一，很多声望颇高的大学积极地参与对冲基金的投资，并取得了巨大成功。这些早期的成功使这些大学形成了积极参与对冲基金以及其他选择性资产(alternativeassets)投资的传统。
对于对冲基金所经历的几次家喻户晓的巨额损失，捐赠基金未能幸免，这几次巨额损失降低了捐赠基金投资对冲基金的热情。捐赠基金现在更倾向于利用对冲基金进一步实现资产的分散化配置，降低风险，而很少将其看成是取得额外收入的来源。
捐赠基金不需就其收益向联邦政府或州政府纳税，所以也就不能从资本利得低税率条款中获得利益，投资对冲基金与投资股票也就没有明显的差别，然而作为税收豁免机构的大学，不能豁免营业外收入的纳税。
中等杠杆比率的投资策略与杠杆比率很高的固定收益套利策略及可转债套利策略相比，受营业外应税收入条款的影响要小一些，因此捐赠基金偏好杠杆率低的对冲基金(参照第十章和第十二章),捐赠基金比其他对冲基金的投资者更偏好长线投资(尽管在行情上涨的时候多数投资者会增加其证券持有期),这种长线投资思想使得捐赠基金对于资产短期的价格波动的承受能力增强了。
尽管捐赠基金可能会在遭受损失后减少对对冲基金的投资，但是捐赠基金也不大可能会将对冲基金资产变现，并对短期投资业绩做事后评审。所以捐赠基金在某种程度上更偏好于有封闭条款限制的非流动性证券(私募发行证券、风险资本、房地产投资和新兴市场)投资基金。支出计划限制了捐赠基金的风险承受力，捐赠基金通常会将几乎所有的投资收益花掉，资产价值的微弱变化不会影响捐赠基金的支出计划。
但是一旦承受巨额损失，捐赠基金将不得不取消或者推迟一些项目。也就是说，捐赠基金所能承受的损失很小。除了个别大量参与选择性资产投资的机构将面临更大的风险以外，对冲基金一般能够降低总的组合风险。
在组合中加入对冲基金能够在一定程度上降低捐赠基金的总风险，因为对冲基金的波动率一般要小于代表多种资产的标准普尔500指数的波动率。
而且当对冲基金与股票和债券收益的相关性不大时(多数对冲基金与股票、债券的相关系数低于0.50,而且很多对冲基金与股票、债券的相关系数更低),捐赠基金就能够利用它分散证券组合的风险。
多数捐赠基金在选取基金进行投资时，会聘请投资顾问帮忙。投资顾问会推荐那些能够与捐赠基金所持组合中的资产相匹配的基金类型，然后根据一系列的标准选取几个合适的基金，向捐赠基金的董事会推荐。通常，投资顾问负责对推荐的基金进行尽职调查。
