管理期货存在三种主要的劣势：保证金要求、显著下降和羊群效应。保证金与股票的比值一般介于5%-20%,如此少的资金就能支持一笔交易，所以当商品市场发生了意料之外的变化之后，就会带来意外的、非常痛苦的增加保证金的要求。
对于大多数的CTAs,下降都可能而且确实会发生，因为趋势追随型投资者会遭遇长期的盘整阶段，显示不出清晰的趋势。比如，杜恩资本管理公司经受了34个月的下降。“这次下降在过去30年里是最长的一次。”比尔·杜恩说。
当然，杜恩资本管理公司并不是遭受这次不景气的唯一的基金。“当你做得不好时，”他说，“人们就问了，“市场是不是发生改变了? 通常我们会回答说,相对于我们的模型,没有发生变化。从一开始我们所使用的模型公式
就是基于短期而非长期,但话又说回来，如果我们有一个主要长期趋势的模型公式，也许就不会遭遇如此长时间的下降了。
第三个主要风险在于如此多的基金都在遵循同样的趋势，这么多的CTAs使用的是相同的数据,羊群效应就会发生。比如说，对所有的商品交易商来说,要做多铜的提示信息几乎是一样。如果铜价处于上涨趋势，那么大多数CTAs就会人市，其中有很多还会持有较大的头寸。
如果趋势发生了逆转,交易商同时竞相卖掉或是平仓,问题就出现了,而且保证金的大量耗用会进一步恶化这个问题。后果会非常严重,而且可能会非常快速地发生。这样的遭遇发生在了1980年的白银交易商身上，当时银价从50美元/盎司急剧下跌到6美元/盎司。
