市盈率虽然是衡量股票投资价值的一个重要指标，但是，在实际运用市盈率选股时，还必须克服机械操作思维，正确认识市盈率的局限性与不绝对性。
（1）计算市盈率的盈利数据有较大的变动性。无论是采用上一年的税后利润，还是采用当年的预计利润都与本年度真实的税后利润存在一定差距。一般意义上的市盈率不能反映股票因现在及未来经营情况和每股收益变化而使股票投资价值发生的变化，具有一定的滞后性。尤其是我国经济正处在转轨时期，体制更替、市场构建、微观机制多层次等各种因素均对上市公司的经济产生不同的影响，使公司的创利水平发生较大的波动，使预计的税后利润很可能高估或低估，计算出来的市盈率就会产生偏差。所以，投资者对上市公司的财务报表必须仔细研究，去伪存真，保证没有膨胀或低估真正获利能力的会计“戏法”。对未来获利能力的预测也要谨慎处置，采取保守态度。
（2）市盈率是一个历史的动态指标，股市平均市盈率因受多种因素影响而变动。企业业绩和价格的变化随时改变相应股票的市盈率，市场内在的股价结构也直接影响整体市盈率。而且，市盈率与股价之问并不是一种简单的正相关关系。另外，在经济发展的高速时期，公司盈利增加，股价上扬，市盈率较高；反之，经济调整时期，公司盈利下降，市盈率较低。
（3）由于股票价格是计算市盈率的一个重要因素，而决定股价高低的因素除公司经营业绩之外，还有公司的成长性、市场走势、庄家操作手法等诸多因素。这些因素使股价处于不断变化之中。比如有些公司资产雄厚，正处于高速成长时期，经得起经济冲击，大市下跌时，该股的市盈率仍然比较高。这表示投资者人人看好这些股，对这些股有信心，即使较高的市盈率也能被投资者接受。相反，有些市盈率较低的股，同样被投资者看淡，其原因很多，如：流通盘子过大，难于炒作；经营效益低，增长速度慢；资产存量低，负债重，抵御风险能力弱；管理层出现了问题，等等。
（4）不同股票市场有不同的市盈率水平。影响一个市场整体市盈率水平的因素很多，最主要的有两个，即该市场所处地区的经济发展潜力和市场利率水平。一般来说，新兴证券市场中的上市公司普遍有较好的发展潜力，利润增长率比较高，因此，新兴证券市场的整体市盈率水平会比成熟证券市场的市盈率水平高。欧美等发达国家股市的市盈率一般保持在15-20倍。在1993年以前，美国纽约交易所的平均市盈率是6倍，纳斯达克是18倍。而亚洲一些发展中国家的股市正常情况下的市盈率在30倍左右，其中日本在很长一段时间内高居60倍以上。一般来说，30倍左右是低风险区，50倍左右则是高风险区。当然，各国股市的平均市盈率既不是一成不变的，也没有一个绝对统一的衡量标准，造成各个国家和地区的股票市场的平均市盈率差距比较大，即使是不同的行业，也会有不同的市盈率水平。从发达国家的成熟股市来看，市盈率会随着诸多因素的变化而在一个投资区问内上下波动。较高的市盈率水平意味着较高的投资风险和较低的投资价值，表明市场投机气氛较浓，泡沫成分较大，因此总体偏高的市盈率水平将难以长期维持下去。而任何过度投机的行为必然会受到市场法则的惩罚，股价必然会向合理的价值中枢进行回归。
（5）不同行业股票有不同的市盈率水平。为了反映不同市场或者不同行业股票的价格水平，也可以计算出每个市场的v体市盈率或者不同行业上市公司的平均市盈率。具体计算方法是用全部上市公司的市价总值除以全部上市公司的税后利润总额，即可得出这些上市公司的平均市盈率。在成熟股市中，市盈率分布大致有如下特点：稳健型、发展缓慢型企业的市盈率低，增长性强的企业市盈率高，周期起伏型企业的市盈率介于两者之间。
因此，观察市盈率不能绝对化，不能把它片面地作为衡量股票价值的标准，要结合其他有关信息，从长期趋势上来分析市盈率和判断股票价值。
在采用市盈率选股时要注意两个方面：第一，与市盈率的历史比较，即用同一股票目前的市盈率与过去数年的市盈率比较。例如，某股票现价是20元，其每股收益为1元，市盈率为20倍。现在将该股目前的高低价与过去数年的市盈率比较，如果目前的10倍市盈率接近或低于过去数年的低市盈率，则说明该股现价位可能偏低，反之则可能偏高。第二，成长性分析是运用市盈率的灵魂。要使市盈率成为选股工具，就必须与成长性结合起来。买股票时希望市盈率尽可能低只是基本价格便宜，从“物美价廉”的要求看，还应该考虑成长性这个“物美”的标准。低市盈率、高成长性的股票是投资者最理想的选择，它可以使投资者获得两级增值：一级增值是公司收益增长所产生的直接投资收益；二级增值是市盈率增大过程中所获得的资本增值。美国投资大师彼得·林奇发明了一个模式：当市盈率是公司增长率的一半时，是一个很好的购进时机。
总之，投资者只有正确理解市盈率的含义，完整运用市盈率的规则，准确使用市盈率的计算方法，才能对股市有进一步的理解和把握，从而也就对股市的大势研判及现实表象的洞察不至于发生偏差。
