在私募股权投资中，由于存在较高的委托代理成本和企业价值评估的不确定性，使得私募股权投资基金具有较高的风险。
其风险问题主要包括以下几类:
(1)价值评估带来的风险
在私募股权投资基金的过程中，对被投资项目进行的价值评估决定了投资方在被投资企业中最终的股权比重，过高的评估价值将导致投资收益率的下降。但由于私募股权投资的流动性差、未来现金流入和流出不规则、投资成本高以及未来市场、技术和管理等方面可能存在很大的不确定性，使得投资的价值评估风险成为私募股权投资基金的直接风险之一。
(2)知识产权方面存在的风险
这一点对科技型企业具有特殊意义，私募股权投资尤其是创业风险投资看重的是被投资企业的核心技术，若其对核心技术的所有权上存在瑕疵(如该技术属于创业人员在原用人单位的职务发明)，显然会影响风险资本的进入，甚至承担违约贵任或缔约过失责任。对于这一风险，企业一定要通过专业人士的评估，确认核心技术的权利归属。
(3)委托代理带来的风险
在私募股权投资基金中，主要有两层委托代理关系:第一层是投资基金管理人与投资者之间的委托代理，第二层是私募股权投资基金与企业之间的委托代理。
第一层委托代理问题的产生主要是因为私募股权投资基金相关法律法规的不健全和信息披露要求低，这就不能排除部分不良私募股权投资基金或基金经理暗箱操作、过度交易、对倒操作等侵权、违约或者违背善良管理人义务的行为，这将严重侵害投资人的利益。
第二层委托代理问题主要是“道德风险”问题，由于投融资双方的信息不对称，被投资方作为代理人与投资人之间存在利益不一致的情况，这就产生了委托代理中的“道德风险”问题，可能损害投资者的利益。这一风险，在某种程度上可以通过在专业人士的帮助下，制作规范的投融资合同并在其中明确双方权利义务来进行防范，如对投资工具的选择、投资阶段的安排、投资企业董事会席位的分配等内容作出明确约定。
(4)退出过程中的风险
我国境内主板市场上市标准严格，对市公司的股本总额、发起人认购的股本数额、企业经营业绩和无形资产比例都有严格的要求:中小企业难于登陆主板市场，而新设立的创业板市场“僧多粥少”，难于满足企业上市的需求;产权交易市场性质功能定位不清，缺乏统一、透明、科学的交易模式以及统一的监管，这无疑又为特定私募股权投资基金投资者增加了退出风险。
