不同于大多数其他形式的资本，也不同于借贷或上市公司股票投资，私募股权投资基金经理或管理人为企业带来资本投资的同时，还提供管理技术、企业发展战略以及其他的增值服务，是一项带着战略投资初衷的长期投资，当然其运作流程也会是一个长期持久的过程。
国内私募股权投资基金和海外的创业投资基金的运作方式基本一致，即基金经理通过非公开方式募集资金后，将资金投于非上市企业的股权，并且管理和控制所投资的公司使该公司最大限度地增值，待公司上市或被收购后撤出资金，收回本金及获取收益。
其投资运作基本都是按照一系列的步骤完成的，从发现和确定项目开始，然后经历谈判和尽职调查，确定最终的合同条款、投资和完成交易，并通过后续的项目管理，直到投资退出获得收益。当然，不同私募股权投资基金的特点不同，在工作流程上会稍有差异，但基本大同小异。
1.寻找项目
私募股权投资成功的重要基础是如何获得好的项目，这也是对基金管理人能力的最直接的考验，每个经理人均有其专业研究的行业，而对行业企业的更为细致的调查是发现好项目的一种方式。
另外，与各公司高层管理人员的联系以及广大的社会人际网络也是优秀项目的来源之一，如投资银行、会计师事务所和律师事务所等各类专业的服务机构，都可能提供很多有价值的信息。当然，通常最直接的方式是获得由项目方直接递交上来的商业计划书。在获得相关的信息之后，私募股权投资公司会联系目标企业表达投资兴趣，如果对方也有兴趣，就可进行初步评估。
2.初步评估
项目经理认领到项目后，正常情况下应在较短期内完成项目的初步判断工作。项目经理在初步判断阶段会重点了解以下方面:注册资本及大致股权结构(种子期未成立公司可忽略)、所处行业发展情况、主要产品竞争力或盈利模式特点、前一年度大致经营情况、初步融资意向和其他有助于项目经理判断项目投资价值的企业情况。初步判断是进一步开展与公司管理层商谈以及尽职调查的基础。
在初步评估过程中，需要与目标企业的客户、供货商甚至竞争对手进行沟通，并且要尽可能地参考其他公司的研究报告。通过这些工作，私募股权投资公司会对行业趋势、投资对象所在的业务增长点等主要关注点有一个更深入的认识。
3.尽职调查
通过初步评估之后，投资经理会提交《立项建议书》，项目流程也进入了尽职调查阶段。因为投资活动的成败会直接影响投资和融资双方公司今后的发展，故投资方在决策时一定要清晰地了解目标公司的详细情况，包括目标公司的营运状况、法律状况及财务状况。尽职调查的目的主要有三个:发现问题，发现价值，核实融资企业提供的信息。
在这一阶段，投资经理除聘请会计师事务所来验证目标公司的财务数据、检查公司的管理信息系统以及开展审计工作外，还会对目标企业的技术、市场潜力和规模以及管理队伍进行仔细的评估，这一程序包括与潜在的客户接触，向业内专家咨询并与管理队伍举行会谈，对资产进行审计评估。它还可能包括与企业债权人、客户、相关人员如以前的雇员进行交谈，这些人的意见会有助于投资机构作出关于企业风险的结论。项目经理会根据尽职调查的要素表的各项内容开展调查工作，并根据部门授权的投资方案与项目方决策人进行商务谈判并敲定主要投资条款。
4.设计投资方案
尽职调查后，项目经理应形成调研报告及投资方案建议书，提供财务意见及审计报告。投资方案包括估值定价、董事会席位、否决权和其他公司治理问题、退出策略、确定合同条款清单等内容。由于私募股权投资基金和项目企业的出发点和利益不同，双方经常在估值和合同条款清单的谈判中产生分歧，解决分歧的技术要求很高，需要谈判技巧以及会计师和律师的协助。
5.交易构造和管理
投资者一般不会一次性注入所有投资，而是采取分期投资方式，每次投资以企业达到事先设定的目标为前提，这就构成了对企业的一种协议方式的监管。这是降低风险的必要手段，但也增加了投资者的成本。在此过程中不同投资者选择不同的监管方式，包括采取报告制度、监控制度、参与重大决策和进行战略指导等，另外，投资者还会利用其网络和渠道帮助企业进入新市场、寻找战略伙伴以发挥协同效应和降低成本等方式来提高收益。
6.项目退出
私募股权投资的退出，是指基金管理人将其持有的所投资企业的股权在市场上出售以收回投资并实现投资的收益。私募股权投资基金的退出是私募股权投资环节中的最后一环，该环节关系到其投资的收回以及增值的实现。私募股权投资的目的是为了获取高额收益，而退出渠道是否畅通是关系到私募股权投资是否成功的重要问题。
因此，退出策略是私募股权投资基金者在开始筛选企业时就需要注意的因素。从寻找项目开始到退出项目结束，完成私募股权投资的一个项目的全过程。在现实生活中，投资机构可能同时运作几个项目，但基本上每个项目都要经过以上几个流程。
