（1）自由现金流量在企业业绩评价中的应用
自由现金流量旨在衡量企业未来的成长机会，自由现金流量越多，意味着企业用于再生产、再投资、偿债、发放红利、股票回购的能力越强，企业未来的发展可能就越好。所以，自由现金流量能够更合理地评价企业的经营业绩。
当然，如果要全面、完整地反映企业的财务状况和经营成果，不能单纯地依赖自由现金流量指标，还要注意以下几个方面：首先，在利用现金流量进行财务分析时，必须结合企业所处的行业和发展阶段。通常情况下，一个企业处于创业初期，经营活动的现金流量很小甚至为负值；处在成长期的企业，经营活动带来的现金流量多但不稳定；处于成熟期的企业经营活动现金流量就会比较平稳。其次，要重视利润信息。现金流量信息难以涵盖所有的收益信息，而企业会计报表中公布的盈余信息与现金流量信息的确认基础不同，它们反映了企业财务状况的不同侧面，两者具有很强的互补性。最后，要重视对非财务指标的分析。企业信誉、企业和金融机构的关系、其他潜在的融资能力等非财务指标都是考察企业偿债能力时不可忽视的。
（2）自由现金流量在企业风险控制中的应用
企业的经营风险和财务风险是企业管理者最为关注的两类风险。经营风险是指企业因经营原因而导致利润变动的风险，利润质量高低对经营风险有重要的影响。自由现金流量可以在控制经营风险时应用，因为：一方面，利润质量意味着利润的稳定性，利润质量较高的情况下，除了提供必要现金流量外，还应有足够财力去满足再投资需要，这与自由现金流量的特征是一致的；而另一方面，利润质量就是指在谨慎的、一致的财务基础上，持续经营企业在某一时期内创造稳定自由现金流量的能力。财务风险是指全部资本中债务资本比率的变化所带来的风险。自由现金流量是在充分考虑了企业持续经营或必要投资增长对现金流量要求后的一种现金“剩余”，它与财务杠杆关系密切，可以用来衡量企业偿还债务利息的能力。
（3）自由现金流量在证券投资组合中的应用
从自由现金流量的角度出发的投资组合主要是通过选择低自由现金流量乘数（P/C=股价/每股自由现金流量）来选择收益高的股票。因为与市盈率、市净率相比，自由乘数更少受到会计方法和股利政策的影响，同时也考虑了资本支出现金流量的影响。在资本市场中，用市盈率、市净率和自由现金流量乘数来筛选投资股票是最常用的一种指标。
（4）自由现金流量在企业投资、筹资和股利政策中的应用
财务管理过程不是孤立地考虑企业筹资、投资和股利分配决策，而是对未来自由现金流量的规模、结构等规划和控制过程，所以通过自由现金流量，能够把筹资、投资和股利分配等财务核心问题联系起来。
（5）自由现金流量在企业价值模型中的应用
运用自由现金流量折现法评估企业价值，目前已经是相当广泛的。例如，在企业并购中，敌意收购方使用自由现金流量模型，是希望在控制公司后改善其股利政策；对非上市公司评估，采用自由现金流量模型是因为没有股利；当评估的企业有大量的非业务收益，尤其该企业可能存在用大量的关联交易来粉饰会计报表的情况，就必须采用自由现金流量模型才能对其正确评估。
