两种模型之间存在着内在的必然联系，只要假设公司保持现有的债务水平不变，自由现金流量保持稳定，则两种模型就是相互等价的。在具体的评估实践中，采用哪种模型要看能够收集到的数据的情况。自由现金流量贴现模型和自由现金流量乘数模型都要用到相似的信息，即使是这样，二者在计算过程中，也可以通过使用阶段性的数据达到简化运算的目的。所以，如果在收集数据的过程中，能够直接获得某些阶段性数据，就能够选择更简便、更准确的评估模型。
一般来说，在企业的兼并收购过程当中，收购方往往会投入大量的人力物力对被收购的目标企业进行评估和分析。此时的目标企业数量有限，相对而言收购方对评估投入的资源较多，可以对目标企业进行深入而细致的分析，包括其所在行业的状况和企业今后的发展前景、风险大小和财务结构等。这样在分析的过程当中，结合对企业未来发展的展望，可以预测以后每年的自由现金流量；结合对行业和企业自身风险状况的分析以及财务结构，可以确定相应的折现率；而根据企业的生命周期，可以对评估期间有一个大致的估计，这时应用自由现金流量贴现模型的各个要素都已齐备，且都有其相应的来源依据，可信度较高，用自由现金流量贴现模型可以更加准确地评估目标企业的价值。
而在资本市场的投资当中，由于公司数量众多，即使是机构投资者或是专门的研究机构也难以做到对每一家公司都作出细致入微的分析。这时如果采用自由现金流量贴现模型，往往很多参数就是靠主观估计得来，偏差较大。不仅要确定预期现金流，在已知的条件下还要计算折现率、评估期间等诸多参数，运算量比自由现金流量乘数模型大很多。在这种情况下，自由现金流量乘数模型简单易行，同时也体现出了大多数投资者的估价和预期，有着客观的判断依据，可以消除单个投资者主观偏差的影响，因而此时自由现金流量乘数模型是一种更加适宜的方法。
另外，企业价值评估在金融的许多领域，如公司财务管理、兼并收购和投资组合管理等方面都有所运用，在不同领域中有不同的评估目的，对不同的评估目的也有不同的政策要求。同时，企业对不同项目的评估的要求也不尽相同。所以，对于不同的项目，要依照具体的要求，恰当地选择评估模型。
