虽然取得了不俗的成绩，但是目前红筹、国企股在发展过程中也出现了一些问题，广信、粤海及广南事件对整体红筹、国企股的筹资步伐、市场信誉等造成严重的打击。红筹股上市公司从海外银行融资的难度加大，成本增加。除中国电信等少数绩优红筹公司之外，多数红筹公司已基本丧失从证券市场再融资的能力。这些问题呕待解决，否则不利于整个市场的进一步发展。目前存在的问题主要表现在以下几个方面：
(一)政策具有不确定性，监管机制有待完善
目前国内企业赴境外上市仍基本上在“计划”体制中进行，并导致“重筹资、轻转制”的情况出现，从而不利于解决国有企业经营机制问题。在到境外上市的企业数量有限的情况下，管理层如何以较超然客观的态度来选择适合境外。上市的企业也令人关注，这种由上而下的股份化过程不同于以企业自主决策为主的股份化过程，最终可能导致有限的资源配置低效率。
另外，国内给予红筹、国企公司的各种政策结构复杂，没有明确的法律依据，使投资者无所适从。H股市场充满了诸多传言和不明朗因素，包括所得税率调整、出口退税率调整、优惠政策的取消等等。当投资者用国际上惯用分析方法去分析H股上市公司投资价值时，往往感到茫然。
此外，监管有待于进一步加强。例如：粤海企业与广南集团的问题引起公众的关注，尤其是广南集团负债突然跳升至30亿港币，暴露了香港证券市场存在已久、却始终未获正视的问题：首先，监管机构难以监管上市公司及董事的经营；其次是上市公司董事诚信及审计师的责任如何明确。对于上述问题，香港联交所认为，香港公司法虽有涉董事诚信的条文，但政府却没有执行部门，联交所的权力只限于谴责及不准犯事的人再任上市公司董事。至于对审计师的监管，联交所和证监会均无权力监管会计师的操守。这次事件还表明了不少投资银行及会计师行均未能发挥其专业职能，协助有关问题公司遵守上市公司规则和保障所有股东的利益。
(二)部分上市公司转制不彻底，法人治理结构不完善
国企海外上市除S融资外，管理层希望能达到转变公司机制，完善公司法人治理结构的月的，但在实际运作过程中并木完全实现这个目标。许多上市公司的股东大会、董事会、监事会的内部分工和权力分配制度被扭曲，出现“内部人控制”现象，经营者权力缺乏约束，大众资源被少数人滥用。一些公司董事会、法定代表人或经营管理层超越《中华人民共和国公司法》或《香港公司条例》赋子的职权范围，漠视广大股东的合法权益，中小股东监督上市公司经营管理的途径和能力受到限制；有的上市公司董事长、总经理滥用经营权，不经过股东大会、董事会，就擅自做出重大投资决策，或违背招股书承诺，擅自改变募股资金投向；许多公司的监事会没有对公司管理层起到真正监督、制衡作用。另外，许多公司高层更迭频繁且缺乏透明度，企业行为的市场导向仍然有待进一步强化。
企业转制不彻底的另一后果是企业应变能力不强，如香港受东南亚金融风暴影响经济出现逆转，引起市场在相当程度上的转变。在外部环境发生大的变化后，红筹公司和H股上市公司应变能力不强的问题全都暴露出来，很多公司不能及时调整应对策略而导致盈利大幅下降。
(三)部分公司主营业务不突出，资金运用效率有待提高
许多红筹公司旗下企业几乎都有房地产、公路、旅游、证券、财务、运输等多项业务，是名副其实的综合企业。公司涉足行业过多而无法有效预测其未来盈利，并且使得公司缺乏鲜明的“本业”。
另外，部分上市公司融资后资金运用效率不高也是值得关注的一个问题。有外资券商曾经指出，红筹、国企融资后，只有三分之一的公司将大部分资金投入生产、改造或建设中，另外相当一部分公司上市募集的资金运作状况不理想，要么存人银行吃利息，要么被挪作他用。
(四)信息披露及时性和透明度不够
H股历史上多次出现由于管理层经营不力、募股资金使用不当、信息披露不充分等问题造成的投资者信任危机和股价暴跌现象。例如，江西铜业在1997年年报公布之前一直声称业绩不错，最后才承认盈利比预测跌去两成，令投资者大为失望。2000年11月中国移动高价配股后，包括中央电视台等国内媒体纷纷报道手机单向收费政策，中国移动、中国联通两只电讯股备受沽压，5个交易日内分别跌去19%和17%，直到一周后信息产业部才出面否认此事，中国移动、中国联通股价才开始站稳。事后，12名基金经理接受了电话调查。
五成八的基金经理坦言，不满意中国处理单向收费事件的方法。他们大多建议，要设立发言人机制，定期发布资料。尽管同时发行H股和A股的上市公司信息披露好于仅在国内发行A股的上市公司，但由于文化差异、保守的管理风格、缺乏对市场规则的认识等原因导致部分H股上市公司信息披露方面仍然存在许多问题。
H股公司大多是大型国有企业改组而成的，这些企业在传统体制下已经运行多年，公司管理层缺乏市场经济及国际资本市场运作方面的知识，平时已经习惯于向上级或政府有关部门汇报工作，而对于向股东负责、如何让投资者了解自己缺乏经验。另外，许多上市公司的公关人员不够专业，海外投资分析员也常常抱怨他们难以接触到上市公司的高层。
