在古典经济学理论中，经济学家认为价格是供需平衡的结果，与交易机制无关。例如，Radner(1979)在研究理性预期均衡(RationalExpectationsEquilibrium)时指出，在任何交易机制下，市场都会达到理性预期均衡。因为在其研究中假定市场是完善的和无摩擦的，所以价格的形成和变化是由外部信息和相关噪声信息决定的，交易机制本身并不对价格行为产生影响，瓦尔拉斯拍卖市场就是这种理想的价格确定过程的一个抽象。
然而，现实的市场和瓦尔拉斯市场存在很大的差异。现实的市场不仅存在交易成本，而且信息也是不同质的。市场参与者并不只是为了促成供需平衡，还有根据市场信息使自己收益最大化的目的。例如，Demsetz(1968)在分析NYSE的交易成本的过程中，发现交易成本对均衡价格的形成有重要影响。由于在任何时候都存在想要立即成交的交易者和耐心的等待者，如果供需不平衡(例如，想要立即成交的买方大于卖方)，那么不能成交的交易者可能需要做出价格让步，即付出即时性交易成本。所以，市场同时存在两种均衡价格：立即成交的均衡价格和观望的均衡价格。因此，交易机制对均衡价格的形成产生一定的影响。在此基础上，市场微观结构理论也就诞生了。
市场微观结构理论(MarketMicrostructure)也被称为市场微观结构经济学，是金融经济学中一个极其重要的分支。近年来，国外经济学家从研究的对象和内容两个方面对其进行定义。例如：O'Hara(1995)把市场微观结构理论定义为对在特定规则下交换资产的过程与结果的研究；Stoll(2002)指出，市场微观结构理论是对提供交易服务的成大以及这种成本对证券价格短期行为影响的研究；Engel&Russell(2005)认为，市场微观结构理论主要研究价格如何根据新信息进行调整，以及交易机制如何影响资产价格；Lipson(2003)认为，市场微观结构理论是研究金融市场的组织和功能的一门学科。问题主要集中在所有权的转移和价格发现上，前者强调交易成本，后者强调私有信息融合进价格的过程。综合以上观点，市场微观结构理论是研究价格的形成、发现过程与交易运作机制的一个金融学分支。
从上述定义可以看出，市场微观结构理论研究的主安内容包括两类：一是关于市场价格的形成与发现方面的问题，包括交易成本的确定与交易价格对信息的即时调整过程，主要研究交易者的潜在需求是如何转化为成交价格利成交量；二是关于市场结构与设计方面的问题，主要研究不同的市场结构和交易机制(是指与价格形成有关的交易方面的微观因素，如市场参与者、交易场所的形式和市场的交易模式等)对市场质量和价格的影响。
其中，证券市场存在集合竞价、连续竞价、做市商市场三种基本的价格形成方式。在集合竞价市场(CallAuctionMarket)，所有交易订单不是在收到之后立刻予以竞价撮合，而是由交易中心将在不同时点收到的订单积累起来，到一定的时刻再进行集中撮合成交。在连续竞价市场(ContinousAuctionMarket)，交易者可以在任意时点提交订单或接受其他交易者的订单。在订单进入系统后，交易所通常按照价格优先、时间优先的原则对其进行撮合，产生成交价。做市商市场(DealerMarket)又被称为报价驱动系统，即做市商不断向交易者报出某些特定证券的买卖价格，投资者可以在做市商所报出的价位上向做市商买进或卖出。
大多数证券市场并不仅仅只采取上述三种交易机制中的一种形式，而是采取这三种形式的不同程度的混合模式。如纽约证券交易所采取了辅之以专家制度的竞价机制，伦敦证券交易所部分股票有做市商交易，另一部分股票则采用电子竞价交易。在亚洲的新兴证券市场，普遍采用的是指令驱动电子竞价方式，通常开盘时先由集合竞价方式决定开盘价，然后采取连续竞价方式进行交易。有些市场采取集合竞价方式产生收盘价，另些市场则采取连续竞价方式产生收盘价。
另外，为避免大单委托影响普通交易市场价格的稳定性及连续性，国际主要证券市场在大宗交易的交易方式、价格确定、信息披露等方面采取了特殊的制度安排，建立了专的大宗交易机制。例如，纽约证券交易所推出的做市商机制的楼上市场，我国证交所推出的协商议价的大宗交易平台。
