销售费用方面，最近三年南微医学从2016年的6877万元增长至去年的1.85亿元，几乎是同期研发费用的3倍多，占营收的比重则从16.60%持续增长至20.08%，高于可比同行平均值。这背后则是公司经销商和覆盖机构的增长，截至去年底公司共有国内外经销商416家，覆盖国内2900多家医院。
南微医学研发和销售费用情况（万元 %）资料来源：招股书 界面新闻研究部
由于行业普遍存在的潜规则，持续增长的销售费用也引发市场对南微医学的争议，实际上这也是监管机构对医药医疗类企业问询的重点。南微医学也不例外，证监会发审委在2017年的反馈意见中就直截了当地质问公司是否存在商业贿赂的行为。在此次科创板上市委的问询中，市场推广费用和销售佣金成为重点关注科目。
数据显示，南微医学的市场推广费从2016年的1743万元增长至去年的4316万元，同行中并不常见的销售佣金更是从2016年的344万元暴增至去年的2066万元。对此科创板上市委要求公司披露具体情况，并直接发问是否存在向参会人员直接给付现金或报销的行为，是否存在违反相关法律法规的行为，是否制定关于商业贿赂方面的内部制度及执行情况。
此外，2018年在药品领域全面推行的两票制对南微医学销售模式的影响也引发关注。业内有观点认为，高值耗材领域实施两票制，甚至是集中采购或不可避免。
目前，南微医学产品在国内以经销为主、直销为辅，在美国以直销为主，在欧洲则直销和经销共存，经销模式实现收入占比最近三年稳定在73%左右。截止2019年4月，公司产品覆盖的区域中仅有安徽、陕西、青海、山西、福建五省存在部分公立医院试行两票制，未来各省或将继续结合自身情况推行两票制。
在对科创板上市委的问询回复中，南微医学称，两票制的实施将会影响公司销售模式，产品推广方式将从以经销商推广方式为主，转变为以公司、经销商和第三方服务机构推广相结合的方式。同时也会对销售费用带来影响，通过对比发现，在实行两票制的省份因两票制而增加的销售费用占两票制下的收入金额比例较高。
南微医学解释称，在两票制推行之前，公司市场推广、医院开发、临床和售后服务等工作主要由专业的医疗器械经销商完成，而在两票制实施之后，由于流通企业仅提供集中配送服务，公司将市场推广服务外包给相应的第三方服务机构而新增的销售费用所致。此外，两票制推行后，公司产品销售价格将会提高，营收随之增长，公司税负也将有所增加。
不过对于南微医学的回复，科创板上市委似乎并不满意，其在6月17日的审核会议中再次提出，要求南微医学将两票制影响的风险与经销模式的风险合并，并进一步说明在两票制下可能对原有经销模式造成的影响。
除了销售费用，南微医学长期处于无实控人和控股股东的状态也为外界和监管机构关注。据招股书，在2016年公司发生增资和股权转让后，南微医学前三大股东为微创咨询、中科招商和Huakang，分别持股32.15%、30.18%和20.52%。公司称不存在控股股东和实控人，科创板上市委也要求公司对具体依据作出说明。
南微医学表示，公司股权比例集中于前三大股东，但任何单一股东所持表决权均不足1/3，除隆晓辉及其控制的微创咨询外，其他股东之间不存在一致行动关系，不存在对股东大会特别决议拥有否决权的情形，任何单一股东均无法控制股东大会从而实际控制公司。南微医学也提示到，由于公司前三大股东持股比例较为接近，存在因主要股东比例变动而导致公司控制权发生变动的可能，可能对公司正常运营产生不利影响。
值得注意的是，南微医学目前还涉及两起专利诉讼事项。波士顿科学和波科仪器分别以南微医学及其子公司MTE产品侵犯其专利为由将相关企业告上法庭，目前该案尚未判决，公司面临着最终被认定侵犯涉案专利权的风险，同时波士顿科学部分专利诉讼存在进一步扩展到日本、澳大利亚和加拿大的风险。
如最终被认定侵犯涉案专利权，南微医学预计的赔偿金额区间为2540万元至4363万元之间，占公司2018年营收的比例为2.75%至4.73%之间，占净利润的比例为12.49%至21.45%之间，对净利润影响明显。这也引发科创板上市委关注，其在审核意见中要求公司说明涉案的争议或纠纷是否会扩大到公司核心技术人员
