朱南松认为，证券投资是一项需要许多假设和想象力的活动，假设的条件应该尽量保守、客观，推理的过程则应该合情合理。他表示，结论都是一种猜测，都是一个可能，都有一个假设作前提，也许过了一段时间这个假设就不成立了，想在不确定性因素中把握这变化纷繁的市场，很难。这个时候就不能犯刻舟求剑的错误。一旦船动了，投资者的意识若跟不上形势的变化，延续原来的思考和处理问题的方法，后果会不堪设想。
他提出，要避免刻舟求剑的思路，可以参考巴菲特致股东的信里提到过的投资思考的3个角度：第一，要研究投资的前提和假设，但很多人不重视研究这个，所以他们的行为即使非常符合逻辑也会衍生出刻舟求剑的问题；第二，要研究事实的变化，事实在短期内会给出市场冷暖变化的细微信息，可让投资者及早感知到变化；第三，要进行正确的逻辑推理。
朱南松认为自己是价值投资者，但同时又不拘泥于理论，反对生搬硬套。这与避免刻舟求剑的思路一脉相承，是更基于价值而非事件的判断。他称自己的这种投资方式为“权变”。尽管他在选择投资一家公司时明确了其成长性，但还是会不停考察公司的估值。他个人认为，有些东西一直在变，那估值也会一直变化。诸如出现了一个新的竞争对手，诸如整个市场口味发生转变，总是会有波动性的。所以，一证大在选择公司的时候，比较注重公司在一定阶段的上升性怎么样，是不是在上升阶段。一般来说，上升中有加速度比较重要，如果这个速度已经下降了，就不行了。比如一家公司原来可能是10%，20%，一直增长到100%，增长到后来，增速变成50%、30%甚至20%以下。那这时候，证大就不看好了，很多人觉得好，以为公司还在以20%的速度增长，比整个市场的增长速度还好，但朱南松认为，公司增长速度变慢了就不好了，因为此时公司的整个估值也会随着增长速度的减弱而发生很大转变，证大只能严格按照估值方法来进行。
朱南松在投资的时候，还善于使用资金杠杆，当市场处于低谷的时候加大杠杆的运用，当市场狂热时则禁止使用资金杠杆。他认为投资应该在正确的时间做正确的事情。
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在1996年投资的苏常柴转配股的案例也足见朱南松在投资时的耐心、远见和严密的逻辑推理。苏常柴在国内柴油机动力市场上是第一块牌子。但苏常柴本身解决不了这个转配股的问题。当时是君安证券为苏常柴承销，承销后解决了一部分，但还有1000万股没法解决。于是，证大就涉足了。实际上，在1996年年初的时候，苏常柴已经拥有了转配股，但当时证大没有钱，于是朱南松就说：“那这样吧，我们就借你的钱给利息，给12%的利息，到年底付钱。”后来，19%年市场转好，证大赚了足够的钱后，就把苏常柴转配股拿下来了，由此和苏常柴形成了战略合作关系。然而在1997年时，当证大发现苏常柴的企业成长高峰期已经过去，增长力无法再继续保持时，就没有保留在苏常柴二级市场的股份。
在投资法人股时，朱南松说，有些法人股最多能赚到几十倍。朱南松在《战略投资法人股》一书中，提出了投资方面的3点要求：第一，法人股市场和二级市场之间要有巨大的一个差价，一般在1/5以上，投资者可以要求1/6，甚至1/7，法人股价格一定要低；第二，在有一定的价格要求的条件下，法人股价格要比净资产低，这就是躲在国有大股东后面，因为大股东是按净资产来计价的，当时法人股还没全流通，大股东不会贱卖它，也就不会和投资者竞争，低价卖掉；第三，投资者要看一些行业，证大当时看的行业，基本上都比较稳健，都是可预测的行业，电力公司如长江电力等，商业如汉商集团等，土地开发园区如苏州高新等，还有上海本地企业，如东方明珠等，主要判断依据是这些公司在5-8年里能够活得下来。因为证大当时预测，法人股流通一是和牛市二是和外资进来有关联，因为只有市场好的时候才会放出来。所以，证大形成了一个观念，一定要投资活得长的企业，这个主要依据行业选择，也可以从行业周期上看，最好这个行业已经差了两三年了，因为，一般情况下股票下跌了两三年后，在二级市场就不会有特别高的价格，然后就可以在这个基础上以至少1/5的价格买入，那收益就可以有保障。
自1994年证大成立，朱南松管理的证大从最初的注册资本仅为300万元人民币，发展成为注册资本为3亿元人民币、管理和运营的资产规模约为20亿元的中国影响力十足的私募基金之一。自2006年、2007年阳光私募兴起之后，证大也先后与上国投、华宝信托、平安信托展开合作，截至2009年上半年，共推出9只私募信托产品，俨然成为上海本土老牌私募的一杆旗帜。
