交易所制定了严格的入库和出库管理规则。入库是指卖方会员（自营或代理）将黄金存入交易所指定仓库。入库手续必须由交易所认证的可提供标准金锭企业已备案的指定存货人员参加办理。
交易所黄金入库
卖方会员（自营或代理）提前一个工作日通知交易所指定仓库，并将存入黄金的质量证明书及装箱单传真至交易所。入库时应向指定仓库提交黄金入库申请单、1C卡、指定已备案存货人有效身份证件、送交黄金的质量证明书及装箱单。黄金入库申请单仅作为记账凭证使用。
指定仓库办理黄金入库手续，会员向指定仓库交纳本批黄金的入库费，入库手续完成后，指定仓库在入库申请单第二联加盖黄金收讫章作为存货会员回单。
指定仓库将有该批黄金的块号、纯重、成色等信息输入指定仓库管理系统。系统自动生成黄金入库单，同时通过网络将入库黄金数据传送至会员端，作为会员入市交易的库存。会员可在客户端实时查询当前库存状况。
黄金提取出库后，如需重新入库参与交易时，应送至交易所认证的可提供标准金锭企业进行重铸。
出库是指买卖方到指定仓库提取其具有货权的黄金。买方会员（自营或代理）提取黄金时，首先通过会员端的交易系统填写黄金提取申请单，输入交易所要求信息，系统将自动生成黄金提货单，会员打印。会员（自营或代理）持上海黄金交易所黄金出库申请单、黄金提货单（或传真件）、IC卡、提货人有效身份证件至指定仓库提货，指定仓库核验提货会员1C卡、有效身份证件，无误后，在指定仓库管理系统中录入提货单号，由会员（自营或代理）录入提货密码，系统校验成功，指定仓库即可按提货单所列内容办理发货手续。
黄金出库时，在指定仓库管理系统中根据块号明细逐块录入出库黄金块号，系统自动判断库存状况，核实无误后打印黄金出库单（一式两联）及块号明细。提货方交纳出库费，指定仓库在黄金出库申请单第二联加盖黄金付讫章后，与块号明细一同交会员完成出库手续。
黄金整箱出库时，指定仓库根据提货方需要整箱整发，亦可开箱核对。
指定仓库负责对提货方的出库黄金开箱进行毛重的核对，核对时指定仓库所称黄金毛重与质量证明书所标明该块黄金的毛重差若在±0.1克内，提货方应接收并按质置证明书所标准该块黄金的重量结算。发现重量有问题时，填写“问题报告单”，由指定仓库与会员共同签字确认后报交易所。
黄金出入库申请单由交易所统一印制。
