在开放投资港股的过程中，在政府层面看来，六大风险须全面考虑并妥善处理，包括经济风险、法律风险、信用风险、技术风险、谘询风险以及洗钱和非法资金流入风险。这也是“港股直通车”面临的风险和难点。
一、经济风险
国家外管局认为，境内个人投资香港证券市场，面临的经济风险远较投资境内金融市场大。一方面， 香港股市是个开放的国际化金融市场，国际范围内的政治、经济因素均会直接影响香港股市，有可能在极短的时间内即引起市场预期的剧烈变化以及国际资金大规模的流入或流出。另外，香港股市并没有涨停板限制，实行证券交易T +0模式，投资机构和个人更可以从券商或银行等机构获得融资融券的支持，因此价格波动远高于境内证券市场。另一方面，香港股市存在相当数量的股指期货、权证、仙股等高杠杆性投资工具，且其中不少受或者容易受庄家控制，庄家可通过对敲等方式方便地拉高或压低成交价格，投机特征不可小觑。
二、法律风险
境内个人投资香港证券市场的行为，受香港当地法律的管辖，相应的权利主张、证据保全、仲裁诉讼等行为基本上都要求在香港施行并使用香港的法律规定。但是，内地和香港两地法律制度从立法程序、具体内容到法律执行等各方面均存在不小的差异:而且大多数投资香港股市的境内个人法律知识本来就有限，对香港的法律就更生疏，加上地域的界隔，一旦出现问题，很难有效利用香港的法律来保障和维护自己的权益。
三、信用风险
境内银行和券商作为民事主体通过签订协议确定运作方式，但对于境外参与证券公司的信用风险，各方并未有明确约定。尽管从法律层面看，信用风险是基本可控的，但如果参与机构有所增加的话，相应境外证券机构的资信要求以及信用风险也是境内个人投资者和监管当局所必须认真考虑的。
四、技术风险
虽然境内银行和试点券商均多次表示，已对港股开放在网上平台、硬件设备等方面都有充分的技术保障。但是，2007年10月2日香港股市在大涨行情中出现了系统处理能力不足的故障，也为投资港股敲响警钟。
如果境内个人直接投资境外证券市场网络系统也出现类似故障，又恰逢熊市,则投资者将无法抛售证券，从而导致实际损失，便极有可能引发境内居民投资者较为激烈的反应。
五、咨询风险
就一般公众通过网络获知证券交易的信息而言，目前香港较内地落后。内地股民通过钱龙、大智能等专用网络信息平台,能方便地获得几乎实时的内地证券市场挂单及成交等信息，但香港股市尚不能做到这一点。目前，内地投资者通过一些财经网站仅可以获得半小时之前的香港证券交易咨询，这不足以支撑内地投资者获得全面的投资咨询。
六、洗钱风险
由于香港证券市场存在对敲的操作方式，庄家不仅可以操作股票价格，而且可以藉此使股票在自己的不同账户之间对倒(俗称“左手卖右手买”)。因此，在理论上，这种对敲方式可以成为洗钱的一种方式，甚至还能成为非法资金流入的一种渠道。例如，利用境内居民账户低价购入香港股票后，通过对敲的方式叫股票价格拉高后卖给关联账户，然后将对敲交易获得的大额资金以投资收益或投资撤回名义汇入境内。
