香港投资者通过沪港通买卖沪股通股票将需缴纳上交所现行的交易相关费用(即经手费、证管费)及中国结算现行的结算相关费用(即过户费)。投资者需注意，某些中央结算系统费用将仍然适用于沪股通股票，包括与交收指示相关的股份交收费用及款项交收费用。另外，香港结算将提供存管及代理人服务代其结算参与者持有沪股通股票。香港结算计划将对此服务推出新的“证券组合费”。新的中央结算系统费用将按月以港币收取。
此外，国家税务总局就上交所收取的税项，包括印花税及股息税，亦将适用于此向交易及通过沪港通买入的沪股通股票。就国家税务总局规定的其他税项(如适用)，香港交易所将与国家税务总局进一步磋商。
沪股通股票信息披露
沪港通的试点规定中，当外资持A股股权5%以上的股东或实际控制人、持有股份或控制公司情况出现较大变化时，上市公司需就此进行公告和报告，拥有的权益需合并计算。若香港投资者通过沪股通使自身持股量上升达到信息披露要求时，应依循法规履行报告及披露义务。
