据报道，2018年台湾流感防疫爆发“疫苗之乱”，疫苗问题导致几十万剂停用，造成疫苗短缺，此外，台湾“食药署”被指最迟11月中旬已知8万剂自费疫苗有问题，却隐瞒拖到11月底才公布。
台湾“疾管署”一直强调台湾流感仍是“低度流行”，疫苗与病毒吻合，不过，2018年台湾流感引发的重症、死亡病例比2017年同期“猜错”病毒时还要多，一旦流感进入高峰期，可以想象严重性。台大小儿部医师吕俊毅表示，未来的变化很难预料。
台湾公费流感疫苗10月15日才开打，问题疫苗事件却频频出现，先是赛诺菲药厂发生疫苗变咖啡色事件，接着，台湾国光生技药厂的疫苗被发现内有白色悬浮物。台湾“食药署”11月26日又接连宣布2起疫苗内有异物事件，问题疫苗均来自赛诺菲药厂。这些意外导致大量疫苗被停用，从12月起，台湾各县市集中或缩减公费疫苗接种站。
台湾国光生技药厂指出，早已将366万剂公费疫苗交货并支援赛诺菲药厂8万剂自费疫苗，台湾国光生技药厂的疫苗量“大概就这些了，再生产可能也来不及”。赛诺菲药厂总共被台当局扣下近80万剂公费和自费疫苗，自行补充的疫苗数量并不多。
台湾“食药署”采取号称“全球最严格”的疫苗检查机制，单支疫苗出问题，同批号疫苗全部封存。然而，在疫苗与病毒“赛跑抢时间”的情况下，受苦的是台湾民众。台湾“食药署”被指最迟11月中旬已知8万剂自费4价疫苗有问题，却隐瞒拖到11月底才公布。
这让台湾2018年3岁以下公费疫苗施打率不到4成，比2017年同期少打5万剂，同时拖延了民众接种自费疫苗，现在民众再回头想打到公费疫苗时，公费疫苗已经不足，必须由卫生单位集中接种。台湾“疾管署”表示，确实有不放心台湾自产疫苗的人干脆放弃施打。
