无论是发行条件还是审核权力、定价机制以及交易机制等多个方面，科创板都与现有的主板、中小板、创业板有很多不同。
一、发行上市条件更包容——财务指标不是唯一
主板、中小板和创业板的发行上市条件，都只参考财务指标。主板、中小板对盈利的连续性和绝对金额要求比较高，创业板的盈利条件相对宽松，但都是需要企业连续盈利，才可以发行上市。科创板的发行上市条件，包容性就强得多，设计了5套标准，包括市值、营收、经营活动现金流、研发投入和产品的技术优势等综合因素。虽然也参考财务指标，但强调持续经营能力，不强调持续盈利能力。尚未盈利或存在累计未弥补亏损的企业，只要核心产品有明显技术优势，就可以在科创板发行上市。
二、上市审核及注册——审核权力转移给上交所
主板、中小板和创业板都是核准制，由证监会发审委对企业的申报材料进行审核。科创板试行注册制，由上交所负责发行上市审核，证监会作出准予注册的决定。
三、定价机制市场化——定价更准确
主板、中小板和创业板，目前的定价机制，都是采用直接定价方式，原则上以静态市盈率23倍为发行价。科创板全面采用市场化询价的定价方式。科创板的发行，除了保留主板、中小板和创业板的网上+网下配售机制之外，网下配售对象从原来6类增至7类，引入私募参与网下询价配售。此外还试行保荐机构跟投机制、鼓励高管参与战略配售、引入绿鞋机制等，保证定价机制市场化。
四、交易机制更灵活——价格波动更大
主板、中小板对投资者的资金量没要求，创业板要求投资者个人证券或资金账户在50万以上。主板、中小板和创业板的交易涨跌幅限制都在10%以内，新股上市首日，有效申报价格限制在发行价格的144%。科创板的交易机制变化很大。首先对投资者个人证券及资金账户的门槛是50万，这一点和创业板相同，有别于主板、中小板的零门槛。其次涨跌幅限制放宽到20%，首发、增发上市的股票，上市后前5个交易日不设涨跌幅限制。第三，增加了盘后固定价格交易，这是主板、中小板和创业板都没有的。第四，科创板股票自上市首日起就可作为融资融券标的，而主板、中小板和创业板的股票，在融资融券方面有严格限制。第五，在交易数量方面，科创板的单笔申报数量是不小于200股，可按1股为单位递增，限价申报最大不超过10万股，市价申报最大不超过5万股。主板、中小板和创业板，单笔申报数量都是100股或其整数倍，申报上限是100万股。由于涨跌幅的扩大，融资融券的放开，使得科创板股票的波动，将比主板、中小板和创业板大得多。
五、持续监管更严格——更容易触发退市
在公司治理和持续监管方面，科创板的要求要比主板、中小板和创业板严格得多。换句话说，科创板企业更容易触发退市。在退市条件方面，和主板、中小板、创业板一样，有四套指标：重大违法指标、交易类指标、财务类指标和规范类指标。只要触发其中一条，就会退市。但科创板的不同点在于：1、取消了暂停上市、恢复上市环节；2、触及财务类退市指标的公司，第一年实施退市风险警示，第二年仍触及即退市；3、衔接注册制安排，不再设置专门的重新上市环节；4、因重大违法强制退市的，不得提出新的发行上市申请，永久退出市场。这也就意味着，如果套用第五套指标(没有盈利，但主要产品在技术上有重大突破)上市的亏损公司，在上市后只有两年的时间窗口，如果两年内不能盈利，就会被退市。
六、允许分拆上市
科创板达到一定规模的上市公司，可以分拆成业务独立、符合条件的子公司上市。这一条在主板、中小板和创业板还不被允许。
