ELS策略有三个劣势：
(1)选股风险；
(2)轧空风险；
(3)与股票和其他基金的高相关性。
ELS和市场中性策略都强烈地依赖于选股，同样，它们都对选股风险，或者说在CAPM中提到的特定风险反应敏感。
而且，这两种策略都在某一标准基点上对特定股票进行卖空操作，这样它们不仅对选股风险敏感，还对轧空风险很敏感。当某只股票卖空的总量超过借入总量时，轧空就开始出现了。ELS认为如果股票会大幅下跌，其管理人就卖空股票，然而如果股价并没有大幅度下跌，管理人无法低价买进股票，迫使早前沽空的投资者平仓，这会进一步加速股价的升势，有可能令其他不愿平仓的投资者加入平仓的行列。
如此，做空者的竞相补进，促使收盘价大幅上升。而且，为了应付平仓损失，基金管理人的经纪人可能会要求其增加担保抵押。如果管理人不能提供现金或证券，经纪人就可能将其空方头寸强制平仓，这样账面损失就变成了实际损失，而且还会带来市场上更大的买盘。
最著名的一次轧空风险发生在20世纪70年代末期，事件的主角是罗伯特·威尔森(Robert Wilson)管理的一只对冲基金，这位威尔森在当时的对冲基金界可是大名鼎鼎。埃尔登·梅耶回忆说，那段时间威尔森去了印度尼西亚，好长时间联系不上他。他的投资组合已做了相当好的对冲，所以他相当放心。即使在他动身之前形势已经对他不利，威尔森仍然不担心。
当时他认为卡西诺股票的基本面是相当糟糕的，所以做空了卡西诺。当他离开之时，轧空已经开始，股价急剧上涨。威尔森还是联系不上。日复一日，平仓开始了，这导致了股价进一步飞涨。如果能够联系上威尔森，他也许能提供额外的一些担保抵押，但事实上这并没有发生。
随着价格大幅上涨(有时一个交易日会上涨5%或者更多),威尔森的首席经纪人公司， Neuberger & Berman 认为有必要要求他持续大量买入交易量较小的那些股票，来进行平仓。最后，他的空方头寸，即使没有全部，也是绝大部分被平仓了。轧空最终过去了，股价也从高位逐步回调。
描述了这种常用策略的第三个主要缺点：大部分的EIS基金都与股票市场存在紧密的相关性，其与国内股票和MSCI全球指数的相关系数在统计上都是显著的，其值分别是0.69和0.72,理论上，ELS基金在上升和下跌市场中均能获利，但它们在牛市中的表现要明显优于在熊市或是盘整阶段中的表现。
比如在2002年的熊市中，ELS基金平均来说下跌了4.7%,但很多ELS基金实际损失比这个平均值惨多了。进一步分析ELS和MSCI之间的相关性，我们计算出在这12年里，ELS的值是0.47,其市场风险暴露已经相当显著了。
在这里我们向对冲基金的基金(FOFs)投资者发出一个预警：由于众多的FOFs的投资组合是以ELS为主导的，所以它们与股票市场存在显著的相关性，FOFs投资者应对下次到来的熊市保持警惕。
另外，也显示出，ELS与其他策略的相关性也很高，比如事件驱动策略和全球宏观策略。因此，投资者应该确保他们的对冲基金和FOFs组合做到充分的多样化，应当在其投资组合中包含其他的以及彼此相关性较小的对冲基金策略。
