近年来，我国债券市场发展非常迅速，交易品种不断丰富，交易规则不断完善，交易系统不断改善。但是，我国债券市场初级市场及转轨市场的特点仍然没有改变，一系列阻碍其功能正常发挥的体制机制问题仍然没有得到解决，由此也使其抑制股市暴涨暴跌的功能不能有效地发挥作用。概括起来，主要有以下问题。
我国的债券市场体系存在着怎样的问题？
第一，债券市场的规模太小，未能充分发挥其平衡股市的作用。根据发达国家或地区的经验，债券在GDP中的比重远远大于股票。比如，美国股票市值大约为GDP的150%,而债券市值大约为GDP的200%。而我国股市和债市发育呈现非均衡的特点，截至2011年底，我国债券市场可流通余额为20.28万亿人民币，占同期GDP比重为43%;而同期股票市值约为21.48万亿，占GDP比重为45.55%。
第二，商业银行垄断了债券投资，制约了债券市场的发展。目前商业银行是债券市场的绝对投资主体，其持有的债券比例已经超过债券余额的70%,债券市场单一的投资者结构阻碍了企业信用机制的建立。更为严重的是，我国的商业银行除了是持债主体外，还是承销主体，由此导致债券市场成了一个特殊市场。由于企业债券的信用状况都被银行高信用光环所笼罩，由此导致市场无法根据企业的信用利差对其债券进行市场化定价。
第三，监管分裂，多头监管阻碍了债券统一市场的形成。目前我国的债券监管机构包括财政部、人民银行、发改委、证监会和银监会等五个部门。各监管机构制定了各自的发行标准，审计机构和流通场所也有不同的属性，适应的法律法规也各不相同，由此导致本质相同的各债券品种监管制度不一样，这容易产生监管盲区，不利于控制风险。另外，没有统一的规则，也为金融创新带来很大的困难。
第四，由于场内外市场分割，导致债券定价机制混乱。我国债券市场包括交易所市场和银行间市场，以银行间市场为主，交易所市场的交易擞不到银行间市场交易量的3%气两个市场的投资者、资金和现券基本处于隔裂状态，不能自由流动，由此导致我国债券市场无法形成统一的市场基准收益率曲线，经常出现同券不同价的现象。
第五，债券结构不合理。目前我国债券产品以政府债券为主，企业信用债券发展相对滞后，占比只有23%左右气与成熟市场相比还有较大的差距。
第六，配套制度不完善，市场化风险处理机制尚未建立。比如，信用评估体系不完善，评级机构的水平较低，独立性和权威性不高，评估结果的市场化程度接受较低；企业破产后如何保护债权人利益，债权托管制度如何具体操作等还有待在实践中逐步积累经验，还有待相关制度的进一步完善。
