出具标准无保留意见即表明被审单位会计报表的编制是合法、公允的，会计处理方法的选用符合一贯性原则，审计过程未受阻碍和限制，不存在应调整而被审计单位拒绝调整的重要事项。1999年81.26%的上市公司被出具了无保留意见，与1998年及1997年相比，所占比重明显下降。
无保留但带解释性说明意见：1997年被出具此类意见的公司共57家，1998年达到89家，而1999年则增加到109家。该审计意见表明被审单位的财务报表是合法、公允的，但有必要披露更多的信息以引起投资者的特别注意。
保留意见：1999年被出具保留意见的公司有12家。保留意见的出具基本是依照以下情况进行审核的：个别重要会计事项的处理或个别重要报表项目的编制不符合《企业会计准则》的规定，而被审单位又拒绝进行调整；审计范围受局部限制，无法按独立审计准则的要求取得应有的审计证据；个别会计处理方法不符合一贯性原则。
拒绝表示意见：当注册会计师在审计过程中，由于审计范围受到严重限制，不能获得必要的审计证据，以致无法对会计报表整体发表审计意见时，应当出具拒绝表示意见的审计报告。
1999年被注册会计师拒绝表示意见的上市公司有12家，为ST东海、ST粤金曼、ST渤化、PT双鹿、PT农商社、PT红光、ST郑百文、金马集团、ST深大洋B. ST中浩、ST闽闽东以及东北电。
否定意见：表示注册会计师否定被审计单位会计报表的公允性，认为其编制无使用价值。在1997年年报审计中，渝汰白被出具了否定意见，由此开创了否定意见之先河。PT网点成为1999年被出具否定意见的公司。
PT网点出具被否定意见的原因为：(1)截止1999年末，未能归还的逾期借款本金总额为74，895万元；(2)截止1999年末，对外提供信用担保10，977万元及1149.197万美元(均为1998年12月31日以前发生数)；(3)截止1999年12月31日，对外财产抵押共计14，977.31万元；(4)截止2000年4月26日，正在进行的未决诉讼和己判决但尚未执行完毕的诉讼共计约69，873. 15万元。
注册会计师认为，该公司或有事项、承诺事项及重大事项涉及金额巨大，且在1997年度、1998年度及1999年度产生巨额一亏损，导致其1999年12月31的净资产为负数，主要财务指标显示其财务状况严重恶化，存在巨额逾期债务无法偿还。由此认为，PT网点的持续经营能力已受极大影响，由于其依据持续经营的假设编制的会计报表缺乏合理性，所披露会计报表未能公允地反映该公司1999年12月31日的财务状况以及1999年年度的经营成果和现金流量情况，所以出具否定意见。
如果说被出具拒绝表示的意见，尚表明一该公司财务报表仅仅是失去了审计依据，从而有可能失去公允性的话，那么被出具了否定意见，则说明该公司的财务报表己经失去了公允性，已失去了财务报表的编制意义。至今已有钦白、红光实业、PT网点3家上市公司被出具了否定意见的审计说明书。
1999年非标准保留意见明显增多，已占到18-74%，其中被保留意见、拒绝表示意见与被否定意见的公司数量，己占接受审计公司总数的7. 35%。非标准审计意见的增多，表示注册会计师职业风险意识加强，同时也表明，随着市场竞争的加剧，部分上市公司已跟不上时代的步伐，经营管理上的问题日益严重。
