另外，从对冲基金投资策略来看，不同投资策略的对冲基金所面临的挑战是不同的。以下对不同投资策略对冲基金的挑战分别进行论述。
国内股票多空仓策略所面临的挑战
(1)多空仓投资中机构较多，普通投资者较少。在国内，由于股票市场较期货市场发展更为成熟，因此，股票多空仓投资策略在股票市场上得到了应用。但就目前的发展情况来看，股票多空仓投资策略还只在部分机构投资者中推行，普通的投资者对此可以说除了“神秘”之外一无所知。这主要是因为，一方面股票多空仓策略需要股指期货和融资融券手段进行做空，我国股指期货和融资融券交易制度对投资者投资资格具有较严格的限制，机构投资者有较强的人力、物力、财力，使其更容易具备进行股票多空仓投资的各种条件。另一方面，由于股指期货和融资融券需要较高风险控制水平，机构投资者相比普通投资者更具备专业的投资知识，更强的风险抵御能力，因此更适合进行股票多空仓策略投资。
(2)A股T+1交易模式限制了多空仓策略的应用。股票市场采取的T+1的交易模式在较大程度上限制了股票多空仓策略的应用。高频交易在股票多空仓策略中占据重要的地位，毕竟借助计算机进行的量化投资在捕捉转瞬即逝微小价格偏差时比人脑更具优势。但A股迄今为止还未实行T+0的交易制度，同时交易成本相对较高，这两大原因使股票多空仓中的很多策略在A股无法实现。
(3)融资融券成本过高，市场吸引力有限。目前我国的转融通刚实施，首批试点券商融资融券利率费率已敲定，国泰君安证券、国信证券、中信证券等6家券商采取统一的融资利率7.86%和融券费率9.86%，制定标准是在中国人民银行6个月以内贷款基准利率4.86%的基础上上浮3个百分点作为融资利率，上浮5个百分点作为融券费率，这一标准与国际惯例接轨。融资融券费率高出银行利率约一倍，甚至比部分民间借贷利率都高出许多，由于成本较高，市场吸引力有限，因此不利于股票偏空对冲策略的运用。
(4)股权对冲基金身份不明，监管者缺位。我国对冲基金在法律监管之外。《证券投资基金法》第2条规定：“在中华人民共和国境内，通过公开发售基金份额募集证券投资基金适用本法”，该法仅适用于公募基金，将“向特定对象募集资金或者接受特定对象财产委托”的私募基金排除在外，并且公募基金业务仅限于股票、债券等投资领域，对于新兴金融品种是否涉足没有跟进规定。其他法律如《证券法》、《信托法》也没有对私募基金的含义、资金来源、组织方式、运作模式等问题做出明确规定。这就意味着私募基金不被基金法律承认，不受法律保障，只受民法、合同法等一般法律保护，证监会也不保护私募基金投资者利益，缺乏有效的监管和引导，显然难以保障对冲基金的健康发展。
