大宗交易(港交所称为系统外交易)
两市大宗交易机制存在差异。沪市有单独的大宗交易系统，买卖双方达成协议后需向大宗交易系统提出成交申报，申报时间为9:00~17:00。而港市的系统外交易须由卖方在交易达成后的15分钟内输入自动对盘系统，买方则负责核实，输人系统的时间与当日买卖盘申报时间相同。
买卖盘揭示
两市的买卖盘揭示都采取最优五档揭示方式，但是港市的实时行情内容更多，包含经纪标识且采取连续发布(只要有变动即更新)方式，而沪市没有经纪标识。
公开交易信息
根据上海证券交易所交易规则规定，在几种情况下，本所将披露买卖金额最大的五家会员营业部名称和金额。港交所没有公开交易信息的相关规定。
交易异常停牌
两市停牌机制存在差异。上交所对交 易出现异常波动的股票等证券，可以决定停牌。对涉嫌违法违规交易的证券也可以实施特别停牌并予以公告。港市的股票交易停牌主要由股票发行公司申请，交易所负责批准执行。
撮合配对方式
沪港股市实行类似的撮合配对方式，即价格优先、时间优先，但两者也存在细微区别。港股在集合竞价时段的对盘次序以买卖盘类别为最优先(竞价盘比竞价限价盘享有优先的对盘次序)。
指定交易
上海证券交易所实行指定交易业务，凡在上海证券交易所市场进行证券交易的投资者，必须事先指定本所市场某一交易参与人，作为其证券交易的唯一受托人，并由该交易参与人通过其特定的参与者交易业务单元参与本所市场证券交易。投资者可以变更受托人，但是不能同时指定两个受托人。对于存在有未完成交收的证券账户，以及当日有交易的证券账户限制其撤销指定交易，由券商进行控制，在沪港通有关业务规定中会作出明确要求。港交所无类似制度，港市投资者可以指定两个及以上的港市交易参与人作为其受托人。
