沪港通与QFII、QDII 制度具有一定共同之处，都是在我国资本账户尚未完全开放的背景下，为进一步丰富跨境投资方式，加强资本市场对外开放程度而作出的特殊安排。
在具体制度安排上，沪港通与QFII、QDII 又存在以下主要区别:一是业务载体不同。沪港通以两地交易所为载体，互相建立起市场连接，并对订单进行路由，从而实现投资者跨市场投资。QFII等是以资产管理公司为载体，通过向投资者发行金融产品吸收资金;以进行投资。
二是投资方向不同。沪港通包含两个投资方向，分别是香港投资者投资上交所市场的沪股通，以及内地投资者投资香港市场的港股通。QFII等则都是单向的投资方式。
三是交易货币不同。沪港通投资者仅以人民币作为交易货币，不论是内地投资者还是香港投资者均须以人民币进行投资;QFII的投资者以美元等外币进行投资。
四是跨境资金管理方式不同。沪港通对资金实施闭合路径管理，卖出证券获得的资金必须沿原路径返回，不能留存在当地市场;QFII等买卖证券的资金可以留存在当地市场。
这样看来，沪港通与QFII、QDII 存在一定差异，且不会对后者等现行制度的正常运行造成影响，反而可以更好地实现优势互补，为投资者跨境投资提供更加灵活的选择，在促进我国资本市场双向开放方面发挥积极的作用。
