是否允许日内回转交易
两市日内回转交易机制存在差异。沪市除ETF基金、债券、权证外都不允许日内回转交易，即当天买人的证券，只能在第二天才能卖出。而港市允许日内回转交易，投资者可以对一只证券进行来回无数次买卖交易。
交易币种
A股和沪股通股票均以人民币报价和交易，港股以港币报价和交易，而港股通股票以港币报价、以人民币交易。由中国结算通过市场化原则建立相应机制在香港解决内地投资者以人民币直接买卖港交所上市股票的货币转换问题。应注意最终交收受货币汇率影响。
价格最小变动单位
沪港股票价格最小变动单位存在差异。沪股(A股)价格最小;变动单位固定为0.01元，而港股价格最小变动单位取决于该股票的价格。例如一只股票的价格为60.00港元，那么其价格变动单位为0.05元，买卖盘申报也需要以0.05元为单位，如60.05元，而不能申报60.13元这样的价格。
交易单位
沪港股市的交易单位存在较大差异。沪股买卖申报数量单位为每手100股，而港股1手所包含的股票数量由发行公司自行决定，如每手500股、1000股或2000股不等。内地投资者在对港股进行买卖申报时需要特别注意。
