资产重组如运用不当，所产生的负效应对企业的损害也相当大。因此，应注意以下几个方面。
1. 应逐步减少政府行为，资产重组由企业按市场规律来运作。
我国上市公司多数是由国企经过股份制改造获得上市资格的。政府作为上市公司的大股东，是国有资产的所有者。政府介入上市公司资产重组固然对于增强重组协调力度，降低资产重组交易成本有积极意义，但资产重组是一种市场行为，企业重组能否达到预期目的，完全取决于企业的市场理性。政府介入资产重组不可避免地带入行政色彩。
2. 资产重组应保证资产的完整性。
按国家有关规定，上市公司出资人投入的实物资产在评估、审计后，对其净资产按不低于65%进行折股。在折股率一定的情况下，资产越大，折股数越多；而折股数越多，就会摊薄每股收益，相应降低股票发行价格。为了追求募集资金最大化，上市公司都尽可能将资产剥离到极限，有的上市公司将作为完整生产系统所必需的资产都进行剥离。这就使其成为一个不完整的，畸形的，极不规范的和不具备独立面向市场能力的上市公司。
3. 警惕有失公平的关联交易。
一个规范的上市公司应具备独立的生产经营能力，对不可避免的关联交易应按市场原则由关联双方以平等方式进行。目前有相当多国有控股的上市公司产生大量关联交易，除国有股股东一股独大的特殊地位是其产生的主要原因外，也与上市公司成立时资产过度剥离，上市公司先天不足有直接关系。与大股东大量、频繁，甚至有失公平的关联交易发生，会对上市公司产生不良影响。
A. 中小股东合法权益受到严重损害。
由于国有控股股东在上市前会将效益好的资产重组后注入上市公司，而剩余的资产则效益较差，难以出售，人员的精减又受到各种限制，这就使这部分资产的经营变得十分困难。这样大股东就会自觉或不自觉地利用关联交易不断从上市公司抽血，以此来维持其不良资产的生存。上市公司的利益由大股东随意侵犯，而作为中小股东就只能望尘莫及。
B. 上市公司经营业绩严重不实。
大股东为达到将上市公司作为其在资本市场“提款机”的目的，通过关联交易调整上市公司利润。如果其需要资金进行再融资，就通过关联交易将上市公司利润做大，待圈钱完毕，上市公司马上原形毕露，经营业绩迅速下降。这种人为操纵利润的行为，必然影响广大中小投资者的投资热情，动摇证券市场的基石。
4. 税收增加，企业利益流失。
企业发行股票进行资产重组造成所得税增加主要体现在两个方面。首先由于上市公司成立前在母公司母体之中，优质资产产生的利润与劣质资产的亏损相抵，企业整体盈余不大，实现的所得税也较少。但优质资产组成具备独立法人的上市公司成立后，利润大大增加，为纳税主体，其缴纳的所得税大幅增加。另外，由于绝大多数企业上市前进行资产评估，而评估的增值部分也要缴纳所得税，这样也造成纳税额增加。
5. 会计主体混乱，影响会计资料的真实和完整。
由于资产过度剥离，上市公司没有形成完整的生产经营系统，在一些与关联方发生有关费用的确认、划分方面造成难度。
6. 控股公司与上市公司相互牵制，导致双方均难发展。
国家有关法律、法规规定，上市公司的上市标准为三年平均净资产收益率达到同期银行存款利率以上，同时规定国有企业资产重组后，可按重组后的资产计算净资产收益率。但由于上市公司与控股公司资产质量相差悬殊，控股公司为了生存会采用各种手段侵犯上市公司利益，如占用上市公司的资金等方式，后果是上市公司与控股公司都得不到较好的发展。
为了规范企业上市前的重组行为，2008年5月底，中国证监会发布了《〈首次公开发行股票并上市管理办法〉第十二条发行人最近3年内主营业务没有发生重大变化的适用意见——证券期货法律适用意见第3号》（简称《适用意见》）。《适用意见》规定，发行人报告期内存在对同一公司控制权人下相同、类似或相关业务进行重组的，应关注重组对发行人资产总额、营业收入或利润总额的影响情况。其中，文件规定，重大重组一年内不得IPO。应该说，该意见的出台，是对市场深恶痛绝的“假重组”贴了“严打”标志。
不过，俗话说得好：“上有政策，下有对策。”特别是每当年末岁尾，上市公司的重组公告就纷纷出炉，各种股权转让、资产置换和关联交易等令投资者难以分辨。因此，每年年报出台之际都会涌现出不少“乌鸦变凤凰”的重组神话，诞生一批“报表英雄”和“黑马明星”。不可否认，确实有许多公司通过重组得以脱胎换骨，但更多的公司则是希望通过重组手段调节利润、粉饰报表，以达到保牌保壳等不可告人的目的。基于此，相关利益攸关方此配合，大玩“假重组，真双簧”的类似把戏，我们仍可经常看到。
资产重组的问题
