我们看看使用财务报表时的其他问题，财务报表分析的根本问题在于没有什么理论可以告诉我们什么是标准值或者如何设立标准值。正如我们在前面章节提到的，在很多情况下，关于价值和风险判断，财务理论和经济思想都可以为之提供指导，而关于财务报表，能够得到的帮助却少之又少，所以我们很难说哪个财务比率重要，以及什么样的值才是高或者低。
尤为严重的问题是，很多公司是多元化的，拥有互不相关的多种业务，通用电气便是一例。这些公司的合并财务报表不能被清晰地归于任何一个行业，一般而言，我们前面描述的同类分析只有在公司严格地经营同类的业务、行业是竞争性的且只有一种经营方式的时候才真正适用。
另外一个日益常见的问题是，行业中主要的竞争对手或者合适的同类公司可能分布在全球各地，汽车行业便是一例。在这种情况下，非美国公司的财务报表不受GAAP约束，会计准则和处理程序的差异使得财务报表的跨国比较变得十分困难。
甚至明显归属于同一行业的公司也不一定可比，例如，主要从事动力生产的电业公司都被列于同一类（SIC4911），通常被认为基本上具有同质性，然而，电业公司多数是管制性垄断经营的，互相之间不存在什么竞争，至少历史上如此。这些公司中有些有股东，有些没有股东，有的通过合作经营的方式组织，而生产动力的方式从水电到核电都有，所以经营活动也存在差异。最后，由于盈利很大程度上受到管制环境的影响，相似的电力公司也可能表现出不同的盈利。
财务报表分析中，也常常会出现其他的问题。首先，不同的公司采用不同的会计处理方法（比如存货的核算），使会计报表很难比较；其次，不同的公司以不同的时间作为财政年度结束日期，对于季节性业务（如圣诞节效应明显的零售业），由于账款金额的年度内波动，资产负债表比较难以进行；最后，一些公司出现非正常或暂时性事件（如出售资产获得一次性盈利），可能影响到财务业绩，对我们的公司比较产生误导性信号。
