一般而言，如果会计师事务所出具的是标准意见审计报告，则说明上市公司财务报表的可信度有了比较大的保证，投资者根据报表内容对上市公司的业绩表现做出判断、分析，对其未来发展进行预测，也就有了可靠基础。当然，这种保证也不是百分之百。在现实中，也会出现被会计师事务所认为合格的财务报表，最终却被证实是“伪劣产品”的事例。如果会计师出具了非标准意见，对这样的公司，投资者在投资时则要慎之又慎。
特别是上述四种非标意见中的后三种，投资这样的上市公司，最好是详察之细审之。因为被出具非标准意见的报表往往意味着上市公司隐含着巨大风险，被披露出的很可能只是冰山一角。以往事实表明，非标准意见一般集中于资产质量差的公司、微利公司、亏损公司。对这些公司来说，它们面对着业绩评价的巨大压力。
较其他公司而言，更有粉饰报表进行财务造假的动机。比如说，按照规定，连续三年亏损的上市公司会被暂停上市，有些公司为避免暂停上市，就铤而走险在财务报表上做手脚。这样的公司被出具非标准意见的概率就很大。
公司年度财务报告被出具保留意见的原因主要包括：
(1)上市公司持续经营的会计核算前提条件存在不确定性该类公司一般都是由于内部经营管理不善和外部经营环境不利的影响，亏损严重，财务状况恶化，导致持续经营能力受到注册会计师的质疑。
(2)提前确定收益，虚增当期利润提前确认收益包括提前确认营业收入和提前确认营业外收入两种做法。提前确认营业收入的情况主要出现在房地产类或其控股子公司为房地产企业的上市公司中。根据现行房地产开发企业财务制度规定，房地产企业营业收入应在办理相应的产权移交手续，开具发票或结算单后方能予以确认。
但现实中经常出现上市公司在未办理相应的产权移交手续前就确认营业收入，与制度规定不符。提前确认营业外收入的情况主要为有关部门给予上市公司各种补贴收入，在相关款项尚未收到前，就将其全额收入计入当期财务报表。有些公司甚至上年度的补贴款尚未收讫，本年度又将补贴收入全额预提计入当年损益，岂能不出问题。
(3)有关费用未按规定列支和摊销，可能的损失计提不足，影响了当期损益，这类公司的主要做法有：
①不计提或少计提有关损失准备，将应全部计入当期损益的费用支出计作长期性资产，分期摊销较大成本；
②不将相关损失计入当期成本等。
(4)资产处置依据不足，欠缺必要的法律手续，或处理方法明显存在偏差这方面的问题主要集中在上市公司进行股权投资活动中，受让或出让有关股权时经常出现。另外，还有上市公司因其他一些原因被注册会计师出具了保留意见的审计报告，主要包括：
①会计核算方法前后期不一致，或不按历史成本原则核算资产成本；②重大债权债务得不到足够的证据予以确认；
③公司陷人法律纠纷，或有损失重大而报告未能真实披露等。上市公司的年报被出具非标意见，还会出现一系列连锁后果：第一，再融资可能受阻。按照有关规定，如果上市公司最近三年及最近一期的财务报表，被注册会计师出具保留意见、否定意见或无法表示意见的审计报告，则上市公司就失去了公开增发、配股、发行可转换债券的资格。
如果上市公司最近三年及最近一期的财务报表，被出具带强调事项段的无保留意见审计报告，且所涉及的事项对上市公司有重大不利影响，同时在再融资前重大不利影响未消除，也丧失了公开增发、配股、发行可转换债券的资格。由此可见，一旦上市公司财务报表被出具非标意见，除定向增发之外的再融资的能力可能在三年之内不复存在。第二，股权激励可能无法实施。
大多数上市公司实施股权激励时，会将会计师事务所对财务报表出具标准意见的审计报告作为前提条件。也就是说，一旦上市公司财务报表被出具了非标意见，其实施的股权激励也就随之失效。
第三，成分股剔除。在交易所推出的一系列指数里，其指数成分股的选择标准不少就将上市公司财务报表未被出具非标意见审计报告作为前提条件。由于一些投资基金将选股范围与指数成分股挂钩，因此，一旦上市公司从成分股中剔除，将导致机构投资者抛售股票，从而造成股价下跌。
第四，股改追加对价。在上市公司股改时，一些公司的股改方案中，曾提出如果上市公司财务报表被出具非标意见的审计报告，原有的非流通股股东将向流通股东送股票。但是即使财务报表被会计师事务所出具了标准意见审计报告，也不能百分之百保证财务报表的真实性。那么投资者如何避免此类风险呢?结合审计报告，我们先讲其中一点，就是要关注出具审计报告的会计师事务所。会计师事务所的生存发展，主要靠的是信誉。
只有其出具的审计报告没有问题或者出问题的概率很低，其审计的财务报表经得起考验，事务所才可能揽到更多业务，才可能壮大。投资者不妨参考一下中国注册会计师协会每年发布的会计师事务所综合评价前百家信息。投资者在阅读年报时，要注意上市公司是否更换了出具审计报告的会计师事务所。
这是由于，如果事务所要出具非标意见的审计报告，而上市公司对此无法接受，当这种矛盾极端激化之时，上市公司就有可能采取更换会计师事务所的方式，以得到其希望得到的审计报告。因此，上市公司更换会计师事务所，特别是更换理由不充分之时，投资者需要高度警惕。
按照规定，上市公司解聘会计师事务所或者会计师事务所辞聘，上市公司与会计师事务所均应报告中国证监会和交易所并披露其原因，并对所披露信息的真实性负责。
被解聘的会计师事务所对被解聘理由如有异议，有权向上市公司股东大会申诉，同时可以要求公司披露，公司也有义务对此披露。因此，投资者对于更换会计师事务所的情况务必保持高度关注。
