最主要的还是个人借款涉及的个人所得税。如股东借款超1年按分红纳税，公司员工借款跨年不还按工资纳税等。还有就是公司将资金借给其它公司无偿使用，同时公司又有银行贷款，可能有部分借款利息不能税前扣除。如公司没有对外借款，则可能需要对外借款收取利息的问题，涉及营业税及合同印花税，企业所得税等。
《财政部、国家税务总局关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》（（财税[2003]158号）文规定：纳税年度内个人投资者从其投资企业（个人独资企业、合伙企业除外）借款，在该“纳税年度”终了后既不归还，又未用于企业生产经营的，其未归还的借款可视为企业对个人投资者的红利分配，依照“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税。
图1印花税
《国家税务总局关于印发<个人所得税管理办法>的通知》（国税发[2005]120号）文关于强化对个体工商户、个人独资企业和合伙企业投资者以及独立从事劳务活动的个人的个人所得税征管规定：加强个人投资者从其投资企业借款的管理，对期限“超过一年”又未用于企业生产经营的借款，严格按照有关规定征税。
《财政部、国家税务总局关于企业为个人购买房屋或其他财产征收个人所得税问题的批复》（财税[2008]83号）批复江苏省地税局《关于以企业资金为个人购房是否征收个人所得税问题的请示》中明确规定：企业投资者个人、投资者家庭成员或企业其他人员向企业借款用于购买房屋及其他财产，将所有权登记为投资者、投资者家庭成员或企业其他人员，且借款年度终了后未归还借款的应依法征税。同时规定，对个人独资企业、合伙企业的个人投资者或其家庭成员取得的上述所得，视为企业对个人投资者的利润分配，按照“个体工商户的生产、经营所得”项目计征个人所得税；对除个人独资企业、合伙企业以外其他企业的个人投资者或其家庭成员取得的上述所得，视为企业对个人投资者的红利分配，按照“利息、股息、红利所得”项目计征个人所得税；对企业其他人员取得的上述所得，按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。
1、公司出资购买房屋、汽车，权利人却写成股东，而不是付出资金的单位；
2、帐面上列示股东的应收账款或其他应收款；
3、成本费用中公司费用与股东个人消费混杂在一起不能划分清楚；按照《个人所得税法》及国家税务总局的有关规定，上述事项视同为股东从公司分得了股利，必须代扣代缴个人所得税，相关费用不得计入公司成本费用，从而给公司带来额外的税负。
4、外资企业仍按工资总额的一定比例计提应付福利费，且年末帐面保留余额；
5、未成立工会组织的，仍按工资总额一定比例计提工会经费，支出时也未取得工会组织开具的专用单据；
6、不按《计税标准》规定的标准计提固定资产折旧，在申报企业所得税时又未做纳税调整，有的公司存在跨纳税年度补提折旧（根据相关税法的规定成本费用不得跨期列支）；
7、生产性企业在计算成品成本、生产成本时，记帐凭证后未附料、工费耗用清单，无计算依据；
8、计算产品（商品）销售成本时，未附销售成本计算表；
9、在以现金方式支付员工工资时，无员工签领确认的工资单，工资单与用工合同、社保清单三者均不能有效衔接；
10、开办费用在取得收入的当年全额计入当期成本费用，未做纳税调整；
11、未按权责发生制的原则，没有依据的随意计提期间费用；或在年末预提无合理依据的费用；
12、商业保险计入当期费用，未做纳税调整；
13、生产性企业原材料暂估入库，把相关的进项税额也暂估在内，若该批材料当年耗用，对当年的销售成本造成影响；
14、员工以发票定额报销，或采用过期票、连号票或税法限额（如餐票等）报销的发票。造成这些费用不能税前列支；
15、应付款项挂帐多年，如超过三年未偿还应纳入当期应纳税所得额，但企业未做纳税调整；上述4-15项均涉及企业所得税未按《企业所得税条例》及国家税务总局的相关规定计征，在税务稽查时会带来补税、罚税加收滞纳金的风险。
16、增值税的核算不规范，未按规定的产品分项分栏目记帐，造成增值税核算混乱，给税务检查时核实应纳税款带来麻烦；
17、运用“发出商品”科目核算发出的存货，引起缴纳增值税时间上的混乱，按照增值税条例规定，商品（产品）发出后，即负有纳税义务（不论是否开具发票）；
18、非正常损耗原材料，原材料所负担的进项税额并没有做转出处理；
19、销售废料，没有计提并缴纳增值税；
20、对外捐赠原材料、产成品没有分解为按公允价值对外销售及对外捐赠两项业务处理。上述16-20项均涉及企业增值税未按《增值税暂行条例》及国家税务总局的相关规定计提销项税、进行进项税转出及有关增值税的其他核算，在税务稽查时会带来补税、罚款及加收滞纳金的风险。
21、公司组织员工旅游，直接作为公司费用支出，未合并入工资总额计提并缴纳个人所得税。
22、很多公司财务人员忽视了印花税的申报（如资本印花税、运输、租赁、购销合同的印花税等），印花税的征管特点是轻税重罚。
23、很多公司财务人员忽视了房产税的申报，关联方提供办公场地、生产场地给企业使用，未按规定申报房产税，在税务稽查时会带来补税、罚款及加收滞纳金的风险。
